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(無題) 削除/引用 No.13015-5 - 2025/06/27 (金) 08:17:14 - sedrftgyhuji 原因はわかりませんが、その後の一連の工程を考えると非蛋白質性のものはどこかで排除されていくと思うのでおそらく心配されるような分析への影響はないように思われます。ただ色素のようなものの混入があまり多いと、分析機器のカラムが汚れるということで嫌がる人もいるので、委託先にはそうのような性状であることは伝えておきましょう。 どうしても気になるようでしたらT-PERと微量の市販のアルブミンか何かを混ぜてアセトン沈殿してみて同じようなものが生じるかどうか見てみれば、サンプル由来か、試薬由来かは判別できるので、もし試薬由来ならば、可溶化溶液を違うものにすれば良いと思います。 あと乾燥条件とはあまり関係ないと思います。アセトンならば室温放置で十分です。（LCーMS／MS分析でしたら）あまり乾燥させると酵素消化の際に炭酸bufferに非常に溶けにくくなくなることがあるのですがその辺は大丈夫でしょうか。委託先にも検体の準備の仕方について相談されたほうが良いと思います。

(無題) 削除/引用 No.13015-4 - 2025/06/26 (木) 03:08:17 - おお 輸送先がそのようなサンプルをよく扱っているのであればそこに聞いてみることをおすすめします。 蛋白はそこまでのことは起こらないと思いますので楽観的にみて大丈夫かなという妄想をしてます。というのも、おそらく夾雑物やコファクターなどの酸化とかじゃないかなと推測してます。 Fe-S clusterを持つタンパク質は酸化した状態で黒っぽい茶色になったりするようです。 Ibrahim, I.M., Wu, H., Ezhov, R. et al. An evolutionarily conserved iron-sulfur cluster underlies redox sensory function of the Chloroplast Sensor Kinase. Commun Biol 3, 13 (2020). https://doi.org/10.1038/s42003-019-0728-4 ヘムのFe（Fe2++ -> Fe3+++) の酸化も黒っぽくなるようですね。もしかして血液とかでしょうか？ 感触としては還元剤やキレーターを使えば軽減しそうな気がしますが、それによってダウンストリームの解析がどうなるか責任持てません。そういうのも輸送先に聞いてみてもいいかもしれません。

(無題) 削除/引用 No.13015-3 - 2025/06/25 (水) 22:21:11 - G25 材料はどんなもの？ たとえば材料によっては含有されるポリフェノールの酸化、重合で黒化することがあります

(無題) 削除/引用 No.13015-2 - 2025/06/25 (水) 15:22:13 - qq これは、プロテオーム分析ですよね。幾つかのサンプルのタンパク抽出液を考えればよいのでしょうね。 アセトン沈殿させ遠心上清を除去後、減圧乾燥するのですよね？ それとも、完全には乾燥させないような指示が分析先からあるのかな？T-PERも分析先からの指示であれば、仕方ないのかな？ そうであれば、分析先に聞くのが一番良いかもしれません。 お馬鹿な指摘は嫌がられますが、チューブに書いたサインペンがアセトンに溶けちゃったという可能性はないですかね？ T-PERの組成の詳細を知らないけれど、T-PERだけをアセトン沈殿しても、黒くなるのだろうかね？

アセトン沈殿処理後のサンプル変色について 削除/引用 No.13015-1 - 2025/06/25 (水) 13:52:47 - くまモン 蛋白質の質量分析を目的として、T-PERを用いて蛋白質を抽出しました。その後、海外輸送のためアセトン沈殿法による前処理を行っています。 この処理において、乾燥終了後にサンプルの一部が黒〜茶色に変色する現象が起きています。原因や対処法についてご助言をいただければ幸いです。 乾燥条件としては、低温室（4℃）、常温、凍結乾燥機（条件：−60℃、0.5ATM）を試しましたが、いずれの条件でもほとんどのサンプルで同様の変色が見られました。 このような変色が質量分析にどの程度影響するか、または避ける方法など、ご存知の方がいらっしゃいましたらご教示いただけますと幸いです。

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