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バイオインフォマティクスのトレーニング トピック削除
No.13010-TOPIC - 2025/06/21 (土) 00:31:20 - Ommm
もしご存じの方がいれば、教えてください。
40代の研究者です。地方在住。
今までは主にWETの実験をしていましたが、やはりデータをしっかりと解析できるようにならなければとバイオインフォマティクスの勉強をしようと思っています。
ただ周りには詳しい者はいません。
書籍も少し読んでいますが、なにぶん知識が乏しく、どこから勉強したものか思案している状況です。

ネットでアメ○エフのトレーニングコースに行きついたのですが、Linux、 R, RNAseqのコースで、値段は18万とお高いです。
その価格に見合う内容であれば、それはそれで良いとは思っています。
そのトレーニングコースを受けたり、また評判を知っている方がおられましたら、実情を教えてもらえないでしょうか。

その会社に限らず、初心者から学べるトレーニングコースがあれば教えていただけるとありがたいです。
Rでプログラミングができようになり、シークエンスの生データを自身で解析できるようになることが目標です。
よろしくお願いします。
 
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No.13010-11 - 2025/06/24 (火) 17:30:50 - AA
外注したscRNA-seqの結果が返ってきてから、解析条件を色々ふるために勉強をはじめました。
R/SeuratのほうがWeb上でアクセスできる教材が多かったのでそれで始めて数カ月かけたところで、Python/scanpyのほうが良いよ、と言われて絶望しています。。
AIが色々教えてくれる時代ですが、何事にも先達はあらまほしきことなり、です。

(無題) 削除/引用
No.13010-10 - 2025/06/24 (火) 15:04:17 - 梅雨
みなさんWet研究者なのにdryもできるだなんてほんと尊敬します。
パソコン自体あまり得意ではないため、R、コマンド、インストール、仮想環境、概念・・・うっ・・・となってしまっています。

(無題) 削除/引用
No.13010-9 - 2025/06/24 (火) 11:15:00 - seventh
昔は環境構築自体が大変でしたが、現在はanacondaやその派生のmamba系のpython仮想環境構築システムで大抵のNGS系のソフトのインストールはほぼ自動でできるようになっています。
うまくいかなかった場合は環境丸ごと削除で、元の状態に戻せるので一度試しみてはどうでしょうか?
NGS解析で必要なlinux知識はpathの概念を理解することで、ほかの大部分の使い方はソフト依存です。近い分野の論文を参考にして使われているソフトのチュートリアルを試すのが早道だと思います。

あと、Rはほぼ独自の系なので別のものとして学習したほうが良いです。

(無題) 削除/引用
No.13010-8 - 2025/06/23 (月) 12:15:16 - ぬ
nibbの無料コースはオススメです。
わたしも、このコースをきっかけにNGS解析ができるようになりました。

基生研で無料コースやってますよ 削除/引用
No.13010-7 - 2025/06/23 (月) 11:04:08 - 橘
基礎生物学研究所が無料のトレーニングコースを開講してくれていますよ。
https://www.nibb.ac.jp/gitc/2025-1st/
https://www.nibb.ac.jp/gitc/2025-2nd/

なお、現状の生成AIは嘘や間違いを教えてくることもかなり頻繁にありますので、ある程度生成AIの嘘を嘘と見抜けるレベルになってからでないと危険です。
議論にさほど重要ではない内容に使うのは問題ありませんが、全く理解せずに鵜呑みにしていると論文撤回する羽目になるかもしれませんよ。
ただ、間違いもある前提で生成AIをパートナーにして一緒に学習するつもりで使えば学習には確かに役立ちます。

(無題) 削除/引用
No.13010-6 - 2025/06/23 (月) 10:32:32 - toto
私もほんの数年前までは全く同じで、wetしか知らずdryの解析をどうやればはじめれるのだろうと、羊土社のやもっと本格的そうな単行本、pythonの入門本等を買って勉強してみたりもしてました。でもちっとも使えるようにはならず、ともかくNanopore を買ってngsのデータがとれるようになりはしたものの、manual以上のことはできず、という状態でした。

その頃はWindows上でLinuxを走らせてたのですが、うまく行かないことも多くハード的な限界もあり、専用のubuntuマシンを作らないとダメだと思って、試しにマザボとCPU、メモリとGPUと電源を、3000円くらいのPCケースに入れてPCをつくり、それでNanopore データの基本解析くらいはlinux上でできるようになりました。
その頃、AIができてきて、当初はハルシネーションがひどかったですが、それでもlinuxのやり方、コードの使い方などは、とても丁寧に教えてくれるので、試行錯誤してるうちにbioinformaticsの大抵のことはできるようになりました。またちょうどその時期にalphafoldが出てきたので、マシンに実装しようと、ひたすらAIを使って入れ方を教えてもらってるうちに、全ゲノム解析でよりdeepな解析もできるようになり、今では学内学外に提供するくらいになりました。

dry解析ではマシンの環境が重要で、GPUも(alphafoldほどでなくても)専用にある程度は欲しいところなので、専用ハードがあった方がいいです。学習はひたすらAI(お金をかける必要はないけど3つ4つ違うのを使うのがポイント)を使い倒せば十分です。AIは人間と違ってどんなバカな質問を繰り返しても怒らずにいちから教えてくれるので最高の教師です。今でもコードは自分ではほとんど書けないですが、AIが書いてくれるのでいろんなスクリプトを作って解析に使ってます。

(無題) 削除/引用
No.13010-4 - 2025/06/21 (土) 10:27:01 - う
調べたいこととデータがそれぞれ違うので、普通に受講すると一般論的なトレーニング内容で終わります。

もちろん基礎を体系的にを知ってたほうがいいですけど、自分が解析したいことがはっきりしてるなら物足りなく、家庭教師的にデータをああしろこうしろと横から言ってくれた方がずっと効率的ではあります。
18万払っていくなら、事前に学習したいことをピンポイントで伝えてそういう学習アレンジをしてもらってはしょうか。別途有料で、と書いてありました。

今はいろんなオンラインサイトやフリーソフトで解析できるので、それを漁って身につけていくのはアリと思います。(私はこちら)。そうしているうちに自然に身につきますが、オンラインサイトは帯に短したすきに長しなことが多いのが難点です。

(無題) 削除/引用
No.13010-3 - 2025/06/21 (土) 08:33:02 - あの
> どのレベルまでのことをされたいのかが不明ですが、、、

質問者さんの最後の一文に書いてありますが。

(無題) 削除/引用
No.13010-2 - 2025/06/21 (土) 06:17:36 - おっと
どのレベルまでのことをされたいのかが不明ですが、、、

RNAseqの生データを、一般ユーザーが見る必要は通常はないですよ。
TPM値などをエクセルにまとめた形で納品してもらえば良いです。

Rも、フリーウェアのEasyRで大抵のことはできます。
 https://www.jichi.ac.jp/usr/hema/EZR/statmed.html

解説本もいろいろ出ています。

それからchatgptの活用もおすすめです。簡単なPythonやエクセルマクロを使ったプログラムも作ってくれます。たとえば、RNAseqして、エクセルにTPMなどが入っている状態で、DEGのリストを作って、ボルケーノプロットを作りたい、と言えば、プログラムを作ってくれます(このぐらいは、エクセルだけでも実施できますが)。



その後は、とりあえずフリーのウェブサイトのMetascapeあたりを使ってみると良いです。

バイオインフォマティクスのトレーニング 削除/引用
No.13010-1 - 2025/06/21 (土) 00:31:20 - Ommm
もしご存じの方がいれば、教えてください。
40代の研究者です。地方在住。
今までは主にWETの実験をしていましたが、やはりデータをしっかりと解析できるようにならなければとバイオインフォマティクスの勉強をしようと思っています。
ただ周りには詳しい者はいません。
書籍も少し読んでいますが、なにぶん知識が乏しく、どこから勉強したものか思案している状況です。

ネットでアメ○エフのトレーニングコースに行きついたのですが、Linux、 R, RNAseqのコースで、値段は18万とお高いです。
その価格に見合う内容であれば、それはそれで良いとは思っています。
そのトレーニングコースを受けたり、また評判を知っている方がおられましたら、実情を教えてもらえないでしょうか。

その会社に限らず、初心者から学べるトレーニングコースがあれば教えていただけるとありがたいです。
Rでプログラミングができようになり、シークエンスの生データを自身で解析できるようになることが目標です。
よろしくお願いします。

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