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(無題) 削除/引用 No.12994-8 - 2025/06/13 (金) 10:02:47 - おお >20%の差 何処かでテクニカルリプリケーとでさが２０％以内に収まっているのでOKという記述を見たことがあります。４つのうち１つが逸脱していたなら対処のしようがありそうな気もします。 でこういう質問は片方だけの言い分しか聞いてないので答えに困るわけで、正確にあなたの実験をみて把握していて各段階のすべてのデーターも見てないわけですし、またそのコアの方の話なども聞けない。テクニカルリプリケーとというのも、細胞を複数のWellにまいて同時に取ったものなのかなど、どの段階でリプリケーとを取ったのかなどもよくわかりませんし。ただ、サンプルを多めに要求して変だった場合その分をやり直すとかやってくれないのでしょうかね。 結局愚痴をきいているのかなんなのかと感じてしまうみたいな感じです（質問にそのつもりがなくても）。

(無題) 削除/引用 No.12994-7 - 2025/06/13 (金) 04:28:24 - おお >[Re:5] 山さんは書きました : > うちの学内コアも、問題多いです。 > > まずRNA抽出前のサンプルの扱いがズサンで、マイナス80度フリーザからオンアイスに移して、平気で結構な距離を歩いてから、作業を始めています。 > なにを心配してのことかわからないですが、、、結構歩くってどういうことなのでしょうか。

(無題) 削除/引用 No.12994-6 - 2025/06/13 (金) 04:25:41 - おお そうだねQCデータとか見てみるべきですね。

(無題) 削除/引用 No.12994-5 - 2025/06/12 (木) 22:48:45 - 山 うちの学内コアも、問題多いです。 まずRNA抽出前のサンプルの扱いがズサンで、マイナス80度フリーザからオンアイスに移して、平気で結構な距離を歩いてから、作業を始めています。 そこのボスに、担当者(パートさん)に注意するように頼んでも、ボスそのものがダメです。 おまけに、RNAをダメにしておいてから、増幅のオプション代を請求してきたりします。 仕方ないので、最近はもっぱら、RNAを抽出したものを渡して、作業をしてもらうことにしています。 厳しい競争原理の中で必死に働く、企業への受託とは、全く違うと割り切るしか無いです。

(無題) 削除/引用 No.12994-4 - 2025/06/12 (木) 13:49:46 - Deer サンプルのqualityがいいことまでは確認しています。すべて、RIN10です。 みなさんが言いたいことは分かります。計算はしたいと思いますが、明らかに他の遺伝子も大幅におかしい。 過去にも依頼したことがあって、バッチ差をなくしたいから12サンプル、まとめて解析して欲しいと言ったら、うちでバッチ差が確認されたことはない！と自信満々に言われ、さらに今回の件。 企業と違って、学内コアは、いい加減にやっても、新任の先生が何も知らずに次々とオーダーするから潤っているんだろうなという気がしてきました。 、、、いい勉強になりました。

(無題) 削除/引用 No.12994-3 - 2025/06/12 (木) 11:39:02 - asan >例えばtechnical replicateでも4サンプルおこなったうちの一つが、Actbの20%の差があったりするのですが、これくらいの実験誤差はあるものなのでしょうか。 元RNAの質、ライブラリー作製時のエラー、シーケンスの深さ、データのノーマライズの仕方などによって誤差なんていくらでもかわるので一般化するのは無理です。１つの遺伝子の差を評価するのに、「20%ずれてる」と言われればブレは多いきいようにも見えますけど、全体で20% ぐらいずれてるものが平均、と言われればまあそんなもんかなって気もします。 そもそもいわゆるDEG解析をする場合は全体のノーマライズの仕方によって20%ぐらいの差は埋もれるような統計処理をすることも決して間違ってない。重要なのは全体のノイズと意味のある差をみわけることであって、「何%動いたらいい悪い」を議論するのは不毛なので多くの統計方法はどちらかというと全体のランダムなばらつきが平均かされて希釈されるような補正をすることでその処理をした後でも”差”があるというものを抽出することを目的としてる。 いずれにせよ、データがぶれすぎてると思うならコアにQCデータとかおかしくないか聞いてみるとかすればいいと思います。まあ、大規模データなんてデータの質は論文かされてるものでも様々なので。 あなたの出したサンプルが20%のActbもズレてない、という根拠はどこにあるのか？という言い方もできるかな。別に30%でも40%でもいいですが。 言いたいことは、「何を持ってズレというかは本質的には難しい」ということです。本質的にそれを詰めるのがあなたの目的ではないなら、サンプルのクオリティが問題じゃないのだったらあとはその後のデータ処理の仕方で研究目的に合う差が解析できるかどうかでしょう。 コアがプロトコール通りにやってる解析ならライブラリーのQCとかもやってるでしょうし、ただのillumina等のキット通りやるだけでノイズが増えるってちょっと考えずらい気がしますが。

(無題) 削除/引用 No.12994-2 - 2025/06/12 (木) 10:29:50 - おお Pearson Correlation Coefficient を求めてみてはどうでしょうか？ 0.95以上ぐらいが基準。 biological replicatesであれば>0.82ぐらいが基準になっているようです。

bulk RNA-seqの精度 削除/引用 No.12994-1 - 2025/06/12 (木) 05:14:13 - Deer Bulk RNA-seqを行っているのですが、データのブレが非常に大きいです。 例えばtechnical replicateでも4サンプルおこなったうちの一つが、Actbの20%の差があったりするのですが、これくらいの実験誤差はあるものなのでしょうか。 学内コアなので、技術的に正しく行っているのか疑念が出てきました。

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