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Uncut blots の提出 トピック削除
No.12989-TOPIC - 2025/06/07 (土) 01:43:22 - たく
論文を投稿する際にwesternのuncut blotsを提出することがあります。
ジャーナルによるかもしれませんが、投稿したことが2度しかないため、どれだけの基礎医学系ジャーナルで要求されるものなのか知っておきたいです。

たとえばCNSやその姉妹誌、JEM、JCI、BloodやJBC、JCBなどです。
これまでにJCIではそう要求されましたが、MDPI系ジャーナルでは要求されませんでした。
uncutのものもデータとして残しておくことは肝に銘じておくこととして、上の多くのジャーナルでは要求されますでしょうか?

もう一つの質問は、uncutの定義についてです。
私は分子量ごとに短冊状に切って、GAPDHと興味あるタンパク質をそれぞれ染色していますが、これだとcut blotsになっています。

理想はメンブレン全体を一つの抗体で染め、検出が終わればストリップしてGAPDHで染色なのかなとは思います。皆様はuncutもしくはfull blotsを提出しなさいと言われたらどのように対処されますか?
よろしくお願いします。
 
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No.12989-7 - 2025/06/11 (水) 06:59:19 - おお
この手の要求はフォトショップなどで不正に図を作ったりした論文が目立ち始めてからだと思っています。ですからWBに限らずDNAをゲルで流したら、その全体のイメージも要求されたりするようです。もちろんそれ以前から生化学的観点から
ゲル全体でのバンドパターンを見せるべきという話もあり、それは論文によっては追求されることもあるかと思います。場合によってはレビューアーが指摘する場合もあるでしょう。

なのでそのような要求があるならその意味するところ見分ける必要があるかもしれません。

メンブレンの必要なサイズのところを切って検出したデーターでそのような指摘があった場合はそのメンブレン全体の図をとりあえず提出して(WBのデーターとメンブレンの写真をオーバーレイしたのがわかりやすい)様子見して見るのがいいかと思います。

個人的にはメンブレンを切らないようにしています。

(無題) 削除/引用
No.12989-6 - 2025/06/11 (水) 00:42:08 - い
>[Re:1] たくさんは書きました :
> 皆様はuncutもしくはfull blotsを提出しなさいと言われたらどのように対処されますか?

私でしたら普通にカットしました、って伝えます。

(無題) 削除/引用
No.12989-5 - 2025/06/10 (火) 16:48:16 - う
蛍光で多重染色できるLI-CORとか、良いですよ。ストリッピングとか、メンブレンを切ることが無くなりました。

(無題) 削除/引用
No.12989-4 - 2025/06/07 (土) 21:22:30 - rftghy
uncutというか、Figにuncutのblotをそのまま使えばいいだけのです。私は基本的に上から下まで切らずに全部貼ってます。もし非特異的なシグナルとか、reblottingで前のシグナルが残って見えていれば、印つけてキャプションにそのように説明書いてます。Figのレイアウトが余白部分が多くなり見た目が格好悪いですが、後からuncutも見せろとか言われるのが疑われてるみたいでそれがすごい嫌なので(あれ投稿者に対してすごい失礼というか嫌じゃないですか?)、初めから全部見せてます。

横方向に切ることはしてません。たとえGAPDHでもactinでもどこに何が出るか分かってても上から下まで見てます。膜の角に文字とか数字書いておくことで同じメンブレン使ってますよアピールになります。ということを示せるのでいいです。あと内在性コントロールはすぐ飽和してしまい内部標準として役に立たないと思っていて、最近はCBBで膜染めて、スキャンして、blotの写真の横に貼ってます。

(無題) 削除/引用
No.12989-3 - 2025/06/07 (土) 14:17:52 - toto
今では短冊状のはやめたほうがよさそうです。昔は普通にされてましたが。PLOS系、Nature系、Cell系、JCB等は特にうるさく、分子量マーカーが同じ1枚のblotに載ってる(つまりuncutであること)が投稿規定に明記されてることもあります。あるいはeditorによるアクセプトのあとでpublisher's checkで要求されることもあります。できなかったら、最悪、出版社の方でrejectにすることもあるようです。MDPIやFrontiers系では査読が緩いので要求されないと思います。臨床系のも緩いのが多いですね。

(無題) 削除/引用
No.12989-2 - 2025/06/07 (土) 09:46:58 - おお
>私は分子量ごとに短冊状に切って、GAPDHと興味あるタンパク質をそれぞれ染色していますが、これだとcut blotsになっています。

JCIでそういうカットしたメンブレンの全体のイメージを示しているものがありました。作図用にプロセスしていないイメージという意味でUncutと言っているのかなと思われます(少なくとも全然関係ないバンドを誤魔化してそれらしく見せたというのはある程度防げる)。しかしながらBiochemicalな観察という点でゲル全体のイメージが要求されることがありますが、それは別の話だと思います。別の話と捉えない人もいるようですけど。

Uncut blots の提出 削除/引用
No.12989-1 - 2025/06/07 (土) 01:43:22 - たく
論文を投稿する際にwesternのuncut blotsを提出することがあります。
ジャーナルによるかもしれませんが、投稿したことが2度しかないため、どれだけの基礎医学系ジャーナルで要求されるものなのか知っておきたいです。

たとえばCNSやその姉妹誌、JEM、JCI、BloodやJBC、JCBなどです。
これまでにJCIではそう要求されましたが、MDPI系ジャーナルでは要求されませんでした。
uncutのものもデータとして残しておくことは肝に銘じておくこととして、上の多くのジャーナルでは要求されますでしょうか?

もう一つの質問は、uncutの定義についてです。
私は分子量ごとに短冊状に切って、GAPDHと興味あるタンパク質をそれぞれ染色していますが、これだとcut blotsになっています。

理想はメンブレン全体を一つの抗体で染め、検出が終わればストリップしてGAPDHで染色なのかなとは思います。皆様はuncutもしくはfull blotsを提出しなさいと言われたらどのように対処されますか?
よろしくお願いします。

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