Bio Technical フォーラム

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qRT-PCRでの結果の変化 トピック削除
No.12940-TOPIC - 2025/05/01 (木) 19:29:29 - kea
現在、私は博士課程1年です。
ある遺伝子の発現量をリアルタイムPCRで見ています。

リアルタイムPCRは初めてでしたので、練習用に絶対に発現量が上がるとされている化合物を細胞に処置してqRT-PCRを実施しました
練習の時は、遺伝子発現量がcontrolと比較して4倍ほど増加していました。
しかし、データ固定用に実験を同じ化合物を用いて実施したところ、発現量が増加しなくなりました。

また、抽出をやり直し、RTからもやり直しましたがPCRの結果は変化なしでした。
細胞も起こしなおしました。

原因がわからないため、何か思いつく方は教えていただけますでしょうか。
 
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(無題) 削除/引用
No.12940-7 - 2025/05/02 (金) 21:13:21 - おお
毎回のCT値はどれくらいブレてますか?

多段階の実験でそれぞれの段階を確認しなければならないので、研究室の経験のある人に相談してください。

(無題) 削除/引用
No.12940-6 - 2025/05/02 (金) 14:08:34 - gdtm
特定の遺伝子が抽出できていないとは考えにくいので、逆転写以降の問題ですよね。

増幅効率やメルティングカーブなどに変化はないのでしょうか。
逆転写のプライマーをかえてみたり、
レファレンス遺伝子を複数見てみるのもいいかもしれません。

(無題) 削除/引用
No.12940-5 - 2025/05/02 (金) 11:10:27 - あの


NCTとタイプ(ミスタイプ?)したりしていますが、、、、NTCは置くべきです


その他、次あたりを一読しておかないと、もし良いデータがでても論文投稿後にリジェクトされる可能性が高いのでご注意を:


MIQEガイドライン:定量的リアルタイム PCR 実験の公表に必要な最低限の情報
 https://www.gene-quantification.de/miqe-japanese-version-2013.pdf

(無題) 削除/引用
No.12940-4 - 2025/05/02 (金) 10:44:41 - TS
>ポジティブコントロールはしっかりと増加しています


>練習用に絶対に発現量が上がるとされている化合物

こっちはポジコンじゃないんですか。記述的にはポジコンなんですが。
あるいは以前の先輩とかがやったときに上昇したとかいうことですか。

その化合物の保存状態とかはどうでしょう。
ポジコンと言わずに、絶対に発現量が上がるとされている化合物という意味はどういうことでしょうか。

(無題) 削除/引用
No.12940-3 - 2025/05/02 (金) 10:26:24 - kea
NCTは置いておらず、ポジティブコントロールは置いています。
ポジティブコントロールはしっかりと増加しています...

(無題) 削除/引用
No.12940-2 - 2025/05/01 (木) 20:16:03 - あの
NTCは、大丈夫ですか?

qRT-PCRでの結果の変化 削除/引用
No.12940-1 - 2025/05/01 (木) 19:29:29 - kea
現在、私は博士課程1年です。
ある遺伝子の発現量をリアルタイムPCRで見ています。

リアルタイムPCRは初めてでしたので、練習用に絶対に発現量が上がるとされている化合物を細胞に処置してqRT-PCRを実施しました
練習の時は、遺伝子発現量がcontrolと比較して4倍ほど増加していました。
しかし、データ固定用に実験を同じ化合物を用いて実施したところ、発現量が増加しなくなりました。

また、抽出をやり直し、RTからもやり直しましたがPCRの結果は変化なしでした。
細胞も起こしなおしました。

原因がわからないため、何か思いつく方は教えていただけますでしょうか。

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