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(無題) 削除/引用 No.12915-5 - 2025/04/12 (土) 15:18:27 - うえ TS様 TS様がおっしゃることはあるかなあとは思っていましたが、 ikraはsalmonを使ったシュードマッピングです。 論文ではKOは複数あるエクソンのうちエクソン2以降の一つに対してのcrispr cas9ですが、開始コドン→ターゲットまでの翻訳部分をRNAseqで検出してしまっているということなのですね。 一番上流のエクソンに対する抗体でWBしていて、3つのKO株がどのエクソンのKOなのかわかりませんでしたが、sgrnaのターゲットのエクソンによっては、TS様がおっしゃっていることが起きそうだなと思いました。 ありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.12915-4 - 2025/04/12 (土) 03:35:06 - おお いろいろな理由でRNAの量が落ちてなくても蛋白の発現が減るということはあります。その論文の詳細はわかりませんが、RNAseqの結果からその蛋白が関係ありそうだという流れならわからなくもない。

(無題) 削除/引用 No.12915-3 - 2025/04/12 (土) 00:36:24 - TS ikraの解析方法を確認してませんが、KOのデザインは関係ないですか。Exonをいくつか飛ばすことが多いと思います。この場合、短い転写産物ができて、それらはマッピングされてTPMなどにカウントされると思いますが、そのあたりを考慮して解析していることは確認されていますか。自分がやっているKOでもシンプルにマッピングすると、遺伝子発現は5割くらいになります。もちろんタンパク質レベルでは発現はゼロになります。

(無題) 削除/引用 No.12915-2 - 2025/04/11 (金) 12:50:05 - うえ ちなみに論文内にもRNAseqでターゲットの遺伝子が減ったという部分はなくパスウェイ等もターゲットの直接関連ありそうなものは挙げられてなかったです。

公開データでのikraでのRNAseq再解析　 削除/引用 No.12915-1 - 2025/04/11 (金) 08:49:10 - うえ ある公開データ（細胞株である遺伝子をKO）をikra idepで再解析しました。ターゲットの遺伝子が、全然落ちてない（normlized expressionで9→8くらい。ばらつきはない）のですが、似たような現象やikraでの解析がうまくいかない例を皆様ご経験されていますか？論文をみるとWBではきちんとターゲットの発現が消えていらのですが…（pcr validationはなさそう）。捏造を疑うとキリがないのですが、他にこういった現象が起こる可能性はございますでしょうか。

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