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(無題) 削除/引用 No.12912-7 - 2025/04/10 (木) 16:04:44 - MS G25様 いろいろと情報をありがとうございます。 示していただいたリンクの文献も読んで勉強してみます。

(無題) 削除/引用 No.12912-6 - 2025/04/09 (水) 18:09:29 - G25 多少は参考になるかな https://academic.oup.com/bioinformatics/article/17/10/920/251573

(無題) 削除/引用 No.12912-5 - 2025/04/09 (水) 17:23:45 - G25 hypothetical proteinの前段にゲノム配列からのコンピュータ予測のみでアサインされた遺伝子であるcomputational geneというのもある

(無題) 削除/引用 No.12912-4 - 2025/04/09 (水) 17:14:11 - G25 GenbankとかSwiss-protなどデータベースをみると hypothetical proteinとかputative XXXとかありますでしょ。 それらは配列データからpredictされたものです。 hypotheticalは核酸配列からORFやsplicing予測などから予測しただけで本当にあるかどうかわからないもの。 putative 〇〇は遺伝子ファミリーの特徴（ホモロジー、モチーフ、シグニチャなど）から〇〇ファミリの一員だろうと予測されたタンパク質。 それだけだと 1)存在は確かだけど〇〇ファミリーかどうかは予測 2)核酸配列から予測された遺伝子産物が〇〇ファミリー 文脈によってはどちらともとれます。 しかし(2)の場合はhypothetical putative 〇〇と明示的に記載されていると思います。

(無題) 削除/引用 No.12912-3 - 2025/04/09 (水) 17:04:12 - MS おお様 なるほど、タンパクとしてあるか不明であり、あくまでPutativeであるということですね。 確かに使用したデータベースでの定義を確認するのが手っ取り早いですね。 ありがとうございます。

(無題) 削除/引用 No.12912-2 - 2025/04/09 (水) 14:41:29 - おお PutativeはmRNAはできているが、蛋白が今まで検出されているという根拠がない場合、ゲノムの構造などからmRNAができているであろうと推測されるが、推測の域を出ないもの。その中にはスプライシングバリアントが配列などから起こり得るが、推測の域を出ないものなども含まれていると思う。 勝手な想像ですがおそらく当てたデーターベースがそういう表現をしているのかと思いますが、それならデーターベースがどういう場合をPutative、Uncharacterizedと定義しているのかを確認するのが正攻法のような気がします。

MSで検出されるタンパク 削除/引用 No.12912-1 - 2025/04/08 (火) 16:52:37 - MS 勉強させていただきます。 MSで検出されたタンパク名が"Uncharacterized protein"や"Putative 〇〇"と表示されているものについては細かい数値などの話は置いておいて、偽陽性と考えていいものでしょうか。 "Uncharacterized protein"はそのサンプルで発現しているが機能が未知であるものという認識でしたが、"Putative 〇〇"についてはどのような意味を持つのかわかりません。 MS解析始めたてほやほやなもので、知見お持ちの方にご助言いただければと思います。

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