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レンチウイルス感染実験のサイレンシングについて トピック削除
No.12865-TOPIC - 2025/03/07 (金) 12:39:45 - K
お世話になります。

lentivirusを作製し、培養細胞へと遺伝子導入を行っていますが、プロモーターのサイレンシングが起こるのか、puromycinでセレクションをしても、目的の遺伝子が発現していないことが多々あります。

puromycinと目的の遺伝子は別々のプロモーターで発現します。

細胞は293Tだったり別の細胞であったりしますが、遺伝子に関わらず、発現が消失してしまうことが続いています。

epigenetic silencingなのかと思っていますが、そこまで頻繁に起こるものでしょうか?
また、これを防ぐ手立てがありましたら併せてご教示いただけましたら幸いです。
 
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(無題) 削除/引用
No.12865-3 - 2025/03/08 (土) 15:09:04 - K
おお様、いつも勉強させていただいております。

Tet offやonであれば、という理屈というのはCMVなどのプロモーターを使わないから、ということでしょうか?
ですが、rtTA3などは恒常的プロモーターになると思うので、同じことになるのではと危惧しております。私の理解が間違っていたらもうしわけありません。

IRES-puroなどの系の方がサイレンシングの問題はないのかなと思いますが、どう思われますか?
IRESは下流の遺伝子の発現が低くなるとのことですが、それでもpuroで選択を与え続けていれば、問題は回避できるのではと思っています。

ご意見を再度聞かせていただけましたら幸甚です。

(無題) 削除/引用
No.12865-2 - 2025/03/07 (金) 15:22:18 - おお
一般的に強いとされるCMVとかたぶんCAGなどプロモーターのメチレーションが起こりがちと言われてますね。特に細胞の増殖に影響がありそうなものは、ある意味選択圧が働いたりして、そういうのがドミナントになりやすいというのも想像できる。

原因はともかくプロモーターを変えるのが一つの手だけど、思い切ってTet-on/offの系を使ってみるのも手だと思いますがどうでしょう。

レンチウイルス感染実験のサイレンシングについて 削除/引用
No.12865-1 - 2025/03/07 (金) 12:39:45 - K
お世話になります。

lentivirusを作製し、培養細胞へと遺伝子導入を行っていますが、プロモーターのサイレンシングが起こるのか、puromycinでセレクションをしても、目的の遺伝子が発現していないことが多々あります。

puromycinと目的の遺伝子は別々のプロモーターで発現します。

細胞は293Tだったり別の細胞であったりしますが、遺伝子に関わらず、発現が消失してしまうことが続いています。

epigenetic silencingなのかと思っていますが、そこまで頻繁に起こるものでしょうか?
また、これを防ぐ手立てがありましたら併せてご教示いただけましたら幸いです。

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