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ノックアウト後のヘテロ解析 トピック削除
No.12857-TOPIC - 2025/03/03 (月) 16:02:09 - uu
CRISPRである遺伝子Aをノックアウト後、限界希釈してノックアウト細胞の単離に成功しました。ただその細胞は元々3倍体であることもあってか、専用サイト(CRISPOR)を使ってもシーケンス波形解析ができませんでした。(インデル率が出るけど、100%にはならない、複数アレルが検出)
そのため以下のように予定していますが、低価格でおすすめの解析会社はご存知でしょうか?
1. 親細胞の遺伝子Aコピー数をデジタルPCRで解析
→3倍体だけが要因ではなく、コピー数が元々多い可能性があるため。
2. NGSによりノックアウト細胞の遺伝子A波形解析


よろしくお願いいたします。
 
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(無題) 削除/引用
No.12857-3 - 2025/03/03 (月) 17:52:20 - uu
はい、確認済みです。
ノックアウトで限界希釈後、シーケンスするとかなり配列がバラバラだったので念のためもう一回限界希釈しましたが、それでも全く同じでした。

(無題) 削除/引用
No.12857-2 - 2025/03/03 (月) 17:25:15 - seventh
無処理株では単一配列であることは確認されていますか?

ノックアウト後のヘテロ解析 削除/引用
No.12857-1 - 2025/03/03 (月) 16:02:09 - uu
CRISPRである遺伝子Aをノックアウト後、限界希釈してノックアウト細胞の単離に成功しました。ただその細胞は元々3倍体であることもあってか、専用サイト(CRISPOR)を使ってもシーケンス波形解析ができませんでした。(インデル率が出るけど、100%にはならない、複数アレルが検出)
そのため以下のように予定していますが、低価格でおすすめの解析会社はご存知でしょうか?
1. 親細胞の遺伝子Aコピー数をデジタルPCRで解析
→3倍体だけが要因ではなく、コピー数が元々多い可能性があるため。
2. NGSによりノックアウト細胞の遺伝子A波形解析


よろしくお願いいたします。

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