Bio Technical フォーラム

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qPCRなどでのトリプリケート トピック削除
No.12841-TOPIC - 2025/02/18 (火) 17:17:01 -
普段qPCRなどを行う際、1つのサンプルを3wellで解析、いわゆるトリプリケートを行い、その平均値をn=1として扱っています。
テクニカルエラーなのか、2つはほぼ同じ結果で、1つは大幅に異なる結果が出ることがあるとします。
この場合、結果は結果なので異なる数値が出たとしても3つの平均を取るのが筋かとは思いますが、数値に差があれば平均値も変化してしまうため、理想のデータではない気がします。
この場合、qPCR自体をもう一度やり直すのか、外れ値が出た場合やむを得ず外れ値を除外したデータを(2well分の平均にする)など、皆さんはどのように対応していますでしょうか?
 
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(無題) 削除/引用
No.12841-3 - 2025/02/22 (土) 09:15:57 - ふみ
3重測定なら外れ値を含めて平均値を使うのがよいように思われます。
5重測定で1つだけ明らかな外れ値なら除きたくなる気はします。

やや脱線しますがバイオロジカルマルチプリケートなら10あっても(n=10でも)外れ値を除外すべきでないと考えています。

(無題) 削除/引用
No.12841-2 - 2025/02/22 (土) 07:38:18 - おお
悩ましいところですね。理屈では同じ数字が出ると言う事ですから、ハズレ値は除いてもいいと言う人はいると思います。私は昔は全部使うべきだと主張していました。Outlierを統計的に検出する方法がありますが、そういうのを使えば無難なのかもしれません。ただ本当はサンプルサイズが数十ないと検出力は出ませんから(6以下では使うなともいわれている)。感覚的にこれは外れているなとなるとどれだけ離れていたらという基準で悩むことになります。経験的にこれ以上は離れないという基準が置けるならいいのかもしれません。


少なくともそのサンプルで2WellぐらいでqPCRするのがいちばんもやもやしないと思います(毎回で数字がブレないなら)。

qPCRなどでのトリプリケート 削除/引用
No.12841-1 - 2025/02/18 (火) 17:17:01 -
普段qPCRなどを行う際、1つのサンプルを3wellで解析、いわゆるトリプリケートを行い、その平均値をn=1として扱っています。
テクニカルエラーなのか、2つはほぼ同じ結果で、1つは大幅に異なる結果が出ることがあるとします。
この場合、結果は結果なので異なる数値が出たとしても3つの平均を取るのが筋かとは思いますが、数値に差があれば平均値も変化してしまうため、理想のデータではない気がします。
この場合、qPCR自体をもう一度やり直すのか、外れ値が出た場合やむを得ず外れ値を除外したデータを(2well分の平均にする)など、皆さんはどのように対応していますでしょうか?

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