Bio Technical フォーラム

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発現量比較 トピック削除
No.12840-TOPIC - 2025/02/18 (火) 16:53:14 - EX
15年近く分子生物学から遠ざかっていたのですが、研究室のテーマ変更に伴い、久々に取り組むことになりました。
内容としては、ある細胞膜タンパク質のORFの5'側に、約80bpの配列(10種ほど)をつなぎ、それぞれのプラスミドを培養細胞にトランスフェクトして、発現量をウェスタンやFACS等で比較する、というものです。
わりとありがちな実験かと思いますが、最近のこの分野のアップデートに頭が十分追いついていません。
みなさんが上記のような実験を行うとしたら、どのような試薬やキットを用いてどのように進めますか?
令和時代のお知恵を拝借したく思います。
よろしくお願いいたします。
 
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No.12840-8 - 2025/02/20 (木) 12:06:22 - EX
>774Rさま
追記ありがとうございました。
ビオチン化、やったことはないのですが、面白そうな手法ですね。
参考になりました。

>おおさま
HRPによるブロッティングについての注意点、ありがとうございます。
実際にはサンプルを横に並べ、別ゲルでアクチンも取ろうと思っています。

(無題) 削除/引用
No.12840-7 - 2025/02/19 (水) 00:28:39 - おお
>[Re:4] EXさんは書きました :

>
> >おおさま
> >あなたの膜タンパクの5‘に余分なアミノ酸配列をつけていいのですか?
> N末端がシグナル配列として切り出されるため、5'側への余分なアミノ酸配列の追加は難しいです。

5’がわに80塩基ということだったのでタグか何かを融合蛋白として発現するのかと思った次第です。そうではなくUTRとして挿入するのですね。

WBはHRPを使った場合、定量性において完璧ではないです。同一メンブレンで比較すれば比較は可能ですが、Loadingがぶれた場合(蛋白定量のぶれとかで)、Internal controlとかゲル状のTotal proteinsで補正できなくもないですが、完璧な方法ではありません。

もう少し定量性を確実にするなら蛍光ラベルした抗体(一次抗体直接か二次抗体)がベターかも知れません。最近のWBなどのImagerは蛍光も使えるのが多くなってますので検出できるものを探してみるのもいいでしょう。専用の蛍光スキャナーを売っているメーカーもあります。ただ検出感度はHRPまではいかないのではと思ってます。スキャナータイプならほぼコンタクトした状態で検出するので感度は稼げますが、実際の検出感度については私はよくわかりません。

>リポフェクタミン2000、3000、fugene HD、確かに覚えがあり、

まあよく使われる試薬ではあります。ただ各社色々出してますので、最近の文献であなたが使う細胞で何が使われているか複数の文献を調べてみてもいいかなとおもいます。PEIをつかった試薬もポピュラーになっているようですし、試薬屋もどの細胞でどれくらい入るとかデーターベースを作っていることもあります。

AAVやレンチもそれなりに使われるようになってきてます。レンチとかあなたの実験では使いやすいかもしれません。

あとエレクトロポレーションもいろいろと良さげなシステむが出てきているようです。

(無題) 削除/引用
No.12840-6 - 2025/02/18 (火) 19:08:30 - 774R
>N末端がシグナル配列として切り出されるため、5'側への余分なアミノ酸配列の追加は難しいです。

今回は需要がないようですが、シグナル配列の後ろにタグや蛍光タンパク質を繋げると、切断後のタンパク質のN末に任意のアミノ酸配列を付加できます。
もしくはシグナル配列付きのベクターが売ってるので、そこにタグ配列と目的タンパク質のシグナル以降をつなげてやる方法もありです。

(無題) 削除/引用
No.12840-5 - 2025/02/18 (火) 19:06:17 - 774R
FACSとWBの比較でもある程度の傾向は見れると思いますが、アッセイ方法が違うので直接の比較にはならないところが心配。

両方ともWBで比較するのはどうでしょう?
表面発現量を見る方法として、細胞表面のタンパク質をbiotin化し、細胞を
溶かしてからNeutravidinビーズで集めると表面発現量がわかります。
同じく細胞を溶かした液をそのままWBすれば総発現量です。

(無題) 削除/引用
No.12840-4 - 2025/02/18 (火) 17:56:30 - EX
>774Rさま
早速ありがとうございました。
インサートの作製法、参考になります。
WBとFACSを行うのは、おっしゃる通り、総発現量と表面発現量を区別したいためです。

>おおさま
>あなたの膜タンパクの5‘に余分なアミノ酸配列をつけていいのですか?
N末端がシグナル配列として切り出されるため、5'側への余分なアミノ酸配列の追加は難しいです。
また、C末端側は細胞質内にありますが、こちらも短いタグ配列を付けただけで機能を失ったという報告を聞いたことがあるため、基本的にはORFはネイティヴなままでいこうと思っています。
抗体はあります。
リポフェクタミン2000、3000、fugene HD、確かに覚えがあり、親しみやすいですね。

引き続き、よろしくお願いいたします。

(無題) 削除/引用
No.12840-3 - 2025/02/18 (火) 17:26:43 - おお
あなたの膜タンパクの5‘に余分なアミノ酸配列をつけていいのですか?

トランスフェクションの試薬とかは試薬屋さんのホームページに行けば新しいものとかもみれますし、、、リポフェクタミン2000、3000、fugene HD あたりが昔のものをベースに色々と改良されているのでとっつきやすいかと。

WBとかは昔ながらの方法でも十分通用するけど、バイオラッドやinvitrogen などプレキャストゲルとかブロッターとか出してるのでホームページのカタログを見てみるといいでしょう。ケミルミ検出試薬は徐々に検出力も上がっていて、そう言う観点でのバリエーションも増えている。

プラスミド構築はNEBuilder® HiFi DNA Assemblyとか他社の同様のkit が出回っていて使い勝手がいい。seamless なのでライゲーションのデザインで悩むこともほとんどない。

最近の文献とか見ればどう言うものが使われてるかわかると思いますが、、、

(無題) 削除/引用
No.12840-2 - 2025/02/18 (火) 17:24:33 - 774R
ORFにつなぐ80bpの配列はForwardとReverseの各50bp程度のオリゴDNAを合成し、20bpほど相補的な部分を持たせPCRで2本鎖DNAにして目的のサイトに挿入するのがコスト的には安い。

トランスフェクション試薬は細胞に合った物を使う。
ウェスタンは常法で。
FACSも常法でよいが、細胞表面に露出したタンパク質の定量となることに注意。
どのへんの情報を知りたいのかぼやっとしてて、回答できるのはここまで。

それより、80bpの挿入による発現量の変化が、
翻訳効率の変化によるものか?
mRNAの安定性向上によるものか?
は切り分けられるようにしたほうが良いと思う。

発現量比較 削除/引用
No.12840-1 - 2025/02/18 (火) 16:53:14 - EX
15年近く分子生物学から遠ざかっていたのですが、研究室のテーマ変更に伴い、久々に取り組むことになりました。
内容としては、ある細胞膜タンパク質のORFの5'側に、約80bpの配列(10種ほど)をつなぎ、それぞれのプラスミドを培養細胞にトランスフェクトして、発現量をウェスタンやFACS等で比較する、というものです。
わりとありがちな実験かと思いますが、最近のこの分野のアップデートに頭が十分追いついていません。
みなさんが上記のような実験を行うとしたら、どのような試薬やキットを用いてどのように進めますか?
令和時代のお知恵を拝借したく思います。
よろしくお願いいたします。

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