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scRNA-seqでCD3にもCD4にもCD8にも陰性のT細胞 トピック削除
No.12829-TOPIC - 2025/02/09 (日) 03:08:39 - dynabeads
scRNA-seqでCD3にもCD4にもCD8にも陰性のT細胞がかなりの数あるのですが、背景に何があるのでしょうか。

論文を見ても触れられていないので、よくわかりません。
 
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(無題) 削除/引用
No.12829-7 - 2025/02/10 (月) 23:51:23 - gbhn
scRNA seqするにあたりその細胞がT cellsであると考えた根拠はなんでしょうか? 

(無題) 削除/引用
No.12829-6 - 2025/02/10 (月) 12:01:22 - asan

そもそもscRNAseqデータであなたがそれらの細胞をT細胞だとする根拠はなに?

実験スキームが詳細にわからないとなんなのかなんて答えようがない。
というか、それを考えるのがあなたの研究なのではないかと思うんですが。

もう少し具体的に調べるとか情報をあたった上で学術的な考え方を質問するとか、あなたのデータを見て周りに相談できるヒトはいないんですかね?

(無題) 削除/引用
No.12829-5 - 2025/02/10 (月) 10:12:15 - う
とりあえず、何をscRNA-seqしたのでしょうか。

そもそもその細胞がT細胞だとどうしてわかるのでしょうか。「にも」が多くてわかりにくいです

(無題) 削除/引用
No.12829-4 - 2025/02/10 (月) 07:04:47 - おお
あ、scRNAなのでCD3が表面に出てなくてもCD3+とでてもおかしくないですね、、、
その論文を開示できますか?

(無題) 削除/引用
No.12829-3 - 2025/02/10 (月) 06:26:02 - おお
https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC8666570/

CD3はImmatureな状態では細胞表面に出てないようで、そのような細胞集団で特に未熟なものはCD4もCD8も出てないようですね。

lymphomaの場合はそういうケースは見られたりするようです。
Both granzyme B-positive nodal cases were CD3-, CD4-, CD8-, CD56-negative.
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0006497120704878

(無題) 削除/引用
No.12829-2 - 2025/02/09 (日) 23:06:10 - み
胸腺内のT細胞の発生分化では未熟なポピュレーションがそれに相当するのでは?
あなたが読まれている論文のサンプル採取情報が不明なので的を射ているか知らんけど。
質問されるときはその背景とやらを教えてください。

scRNA-seqでCD3にもCD4にもCD8にも陰性のT細胞 削除/引用
No.12829-1 - 2025/02/09 (日) 03:08:39 - dynabeads
scRNA-seqでCD3にもCD4にもCD8にも陰性のT細胞がかなりの数あるのですが、背景に何があるのでしょうか。

論文を見ても触れられていないので、よくわかりません。

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