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ヘテロ変異の確認法について
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No.12822-TOPIC - 2025/02/05 (水) 22:29:09 - ヘテロ
培養細胞のある遺伝子の1塩基変異株(ヘテロ変異)を作成しています。
取得した細胞のゲノムDNAの変異導入箇所をPCRで増幅してサンガーシークエンスで確認すると、目的の変異導入箇所は波が2つ重なっていて、野生型と変異型が混じっている状態でした。
このような場合、ヘテロ変異の細胞が得られているのか、ホモ変異と野生型が混じっているのかを判別する方法は、シングルセルクローニング以外で何かあるでしょうか。
方法をご存じの方おられましたらご教授下さい。
よろしくお願いします。
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No.12822-4 - 2025/02/06 (木) 07:43:30 - ヘテロ
お返事をありがとうございます。
いちおう限界希釈とコロニーピックしてシングルクローンっぽいものは取ったつもりなのですが、播種時に2個の細胞がくっついた状態で播種されていた場合はシングルクローンの保証もないので、どうやってヘテロ細胞のシングルクローンになっているかを確認するのかな?と思った次第です。
デジタルPCRやFISHは普段全く使っていないので、すぐには検討できませんが、ご意見をありがとうございます。
(無題)
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No.12822-3 - 2025/02/06 (木) 01:46:11 - AA
デジタルPCRならコピー数がわかるから区別つきますかね?
バルクの導入で大多数の野生型の中にヘテロが混ざっているというような実験系だと無理な気もしますが。
そもそも培養細胞で一度のゲノム編集で点変異を両アリルに導入することはかなり難しいので、クローニングもしないような大雑把な実験をしているのであればホモを考慮する必要はあんまりないのではという気もします。
(無題)
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No.12822-2 - 2025/02/05 (水) 23:47:17 - おお
どんな方法論で導入したのかわからないけど、導入後シングルコロニー取らないと無理じゃないかと思っていますが、もしそういく確実な方法があるのなら教えて欲しいです。
で質問に関してはFISHとかならヘテロ、ホモの判別は上手く系が働けばできるでしょう。
ヘテロ変異の確認法について
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No.12822-1 - 2025/02/05 (水) 22:29:09 - ヘテロ
培養細胞のある遺伝子の1塩基変異株(ヘテロ変異)を作成しています。
取得した細胞のゲノムDNAの変異導入箇所をPCRで増幅してサンガーシークエンスで確認すると、目的の変異導入箇所は波が2つ重なっていて、野生型と変異型が混じっている状態でした。
このような場合、ヘテロ変異の細胞が得られているのか、ホモ変異と野生型が混じっているのかを判別する方法は、シングルセルクローニング以外で何かあるでしょうか。
方法をご存じの方おられましたらご教授下さい。
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