Bio Technical フォーラム

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qPCRでできること トピック削除
No.12811-TOPIC - 2025/01/30 (木) 05:59:46 - QP
部内でqPCRマシーンを新調することになり、セットアップ後にメーカーさんが軽く機器の説明をしてくれるそうです。その際、何か聞きたいことはないかと事前に聞かれました。部内では

リアルタイムPCRの基礎
標準曲線
遺伝子発現
病原体検出
SNP 遺伝子型判定

このあたりを考えているようですが、他になにかこういうのができるよ、聞いてみるといいよ、ということがありましたら教えてほしいです。よろしくお願いします。
 
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自分なら聞きたいこと 削除/引用
No.12811-6 - 2025/01/31 (金) 07:39:28 - ふみ
同じ鋳型とプライマーセットをあるとき反応させた結果1と、同じ組み合わせを別のときに反応させた結果2が、どれぐらい同じになるか尋ねたいです。
古いリアルタイムPCRマシーンではこれがいまいちで、結果を統合して分析するのが困難でした。

(無題) 削除/引用
No.12811-5 - 2025/01/30 (木) 17:40:39 - T-2
一応、タンパク質定量やサーマルシフトアッセイにも使えます。
www.thermofisher.com/jp/ja/home/life-science/pcr/real-time-pcr/real-time-pcr-applications/real-time-pcr-protein-analysis.html

(無題) 削除/引用
No.12811-4 - 2025/01/30 (木) 17:18:16 - おお
試薬やプレートは何社かだしてますがcompatibility とか一応聞いた方がいいでしょうね。3rd party の低価格のものとか。多分そう言うプレートは推奨しないとか言われることが大抵だろうけど。

(無題) 削除/引用
No.12811-3 - 2025/01/30 (木) 11:37:24 - mont
保証期間、機器の保守、修理、ソフトのアップデートは?
使い方やテクニカルな質問へのアフターサービスは?
消耗部品の交換時期や値段は?修理になる可能性が高い部品は?
アッセイに必要な試薬、プレートなどのランニングコストは?

どうもお金のことばかり気になってしまってすみません。。。

(無題) 削除/引用
No.12811-2 - 2025/01/30 (木) 08:34:43 - おお
まず、リアルタイムPCRの基礎は各自勉強してそのうえで疑問に思うことを質問されたほうがいいと思います。例えば大学の授業で分子生物学の授業をうけて理解したからと言って、サンプルを与えられてすぐ実験ができるわけではないですよね。もうちょっと具体的な話に入って聞いたほうが使うにあたって有用だと思います。

プラクティカルな状況での検出の分解能と誤差。まあ1.5倍ぐらいの差は見れるとメーカーには書いてますがそれを達成した状態で検出するのはどの程度可能なのか。

TaqManやその他のプローブとSybrGreenなどを使うとき使い分けなど。またどんなプローブとコンパチブルか、相性がいいか。
TaqManが主流かもしれないけど一応たくさんの検出方法が樹立されてはいる。
https://www.bio-rad.com/en-us/applications-technologies/introduction-pcr-primer-probe-chemistries?ID=LUSOJW3Q3

理想的に1コピーあれば検出できると言われているけど、その現実性や考えられる障害。

SNPsなどはプローブベースとか、プライマーベースとか、resolution melting curve analysisがあるけどどれがいいのか。それぞれで特記するべき事とか選択の仕方とか、どれがよく使われていてデーターが豊富でテクニカルなサポートで参照できるデーターの蓄積があるのか。

Ctで発現の差を見る場合一方が検出限界以下だった場合dCtが求められないとなったときの対処方法。

Ctが30を超えるとばらつきが大きくなるときの対処方法。

バックグランドなどで40サイクル近くでネガコンが上がってくることがあるようだけどそういうときの対処方法。

上記バックグランドに関係するけどコンタミなどでネガコンにシグナルが出たりしたときの対処方法、予防策。起こってしまうと意外と色々悩まされる結果になるようだから。

初心者がやりそうなミス。マシンに支障をきたしそうな絶対に気をつけるべきミス。

qPCRでできること 削除/引用
No.12811-1 - 2025/01/30 (木) 05:59:46 - QP
部内でqPCRマシーンを新調することになり、セットアップ後にメーカーさんが軽く機器の説明をしてくれるそうです。その際、何か聞きたいことはないかと事前に聞かれました。部内では

リアルタイムPCRの基礎
標準曲線
遺伝子発現
病原体検出
SNP 遺伝子型判定

このあたりを考えているようですが、他になにかこういうのができるよ、聞いてみるといいよ、ということがありましたら教えてほしいです。よろしくお願いします。

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