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(無題) 削除/引用 No.12806-5 - 2025/01/28 (火) 08:19:12 - TS Variantがある遺伝子は、すべてVariant1/2/3とかなって、Variantじゃない配列というのはないのだと思います。 Variantはいろいろですね。 塩基置換もあると思いますし、CDSが短いものもありますね。 ふみ様がおっしゃっているように、自分の実験目的にあったように作成するのだと思います。どれを増幅したいか、どれも増幅したいかとか。 G25様がおっしゃるように、塩基置換程度だと分離して増幅するのは難しいことも少なくないでしょう。

(無題) 削除/引用 No.12806-4 - 2025/01/28 (火) 07:50:00 - ふみ NCBI Geneでバリアントが分かり易く表示されるので便利です。 バリアントを全部検出対象にしたい場合には保存されている配列を標的にプライマー設計すればよいでしょう。 特定の組織や細胞で発現するバリアントが分かっているなら、そのバリアントに特異的な配列で設計するのが基本方針になるかと思います。

(無題) 削除/引用 No.12806-3 - 2025/01/27 (月) 17:43:37 - G25 Variantというのはほとんど同じ配列で一部塩基置換があるという程度のものでしょう？　保存されている配列からプライマーを設計すればいいだけでは？ qPCRはなるべく短いampliconにするのが良いのですから、多型を含まない配列を標的にすることも出来るでしょうし、多型があったとしても増幅効率に影響するほどではないでしょう。 それとも質問の意味を取り違っていますか?

qPCRプライマー作製 削除/引用 No.12806-1 - 2025/01/27 (月) 12:59:01 - ゆん qPCRで使用するプライマーの作製に関してです。 ある特定の受容体の発現変化を調べたいのですが NCBIの配列検索ではバリアントの配列ばかりが表示されます。 この場合のプライマー作製はどのように行いますか?

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