以前似たような質問をしたのですが、判然としなくなったので改めて質問させていただきます。
現在、HEKで遺伝子変異の機能解析を行っています。変異ありとなしの遺伝子をレンチで導入しています。
これらの細胞をRNA-seqやトランスクリプトーム解析をする予定ですが、そのタイミングで悩んでいます。2つ案があります。
一つは、感染後48時間後くらいに、細胞を回収して解析する案、もう一つは、puromycinセレクションも加えてから解析する案です。
感染48時間後は2群で同じとは言え、細胞はウイルス感染の影響も受けていると思います。しかし、代償反応も少ないと思いますし、長時間培養に伴う無関係な差異のリスクは最小化されている気がします。
一方、puromycinセレクションをかけてからの方がいいのでしょうか。
論文を見ても人それぞれという感じです。またqPCRで何か目途の立つ遺伝子もないので、RNA-seqにいきなり飛び込まざるを得ないと思っています。 |
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