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(無題) 削除/引用 No.12794-3 - 2025/01/21 (火) 16:48:03 - enk ありがとうございます。 QC結果については ・アダプターの混入が0.02%ほど認められる ・読み始めの13bp付近までGC比率が乱れているが、以降の100bpまではGC含量が　　一定になる。 ・途中からクオリティが下がることはない 状態でした。 そのため、トリミングを行います。 また、トリム前と後の結果でマッピング率の比較を行います。

(無題) 削除/引用 No.12794-2 - 2025/01/21 (火) 16:32:40 - seventh 最初にリードのクオリティチェックをしてみてください。 アダプターが混入している 読み始め、読み終わり付近でGC比率が著しく異なる 途中からクオリティが下がる 等の事象が見られれば追加でトリミングが必要です。 慎重を期すなら、トリムの有無両方の結果でマッピング率等を比較してバリデーションをしてください。

RNA-seq解析時のトリム基準について 削除/引用 No.12794-1 - 2025/01/20 (月) 12:07:55 - enk RNA-SEQ解析を行う事になりましたが、トリミングの基準が分からず困っております。皆様はどのような基準でトリミングを行っていますか。 因みにFastpを用いてトリミングを行おうと考えております。

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