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(無題) 削除/引用 No.12790-6 - 2025/01/20 (月) 11:30:57 - へ ありがとうございます。 検討してみます。

(無題) 削除/引用 No.12790-5 - 2025/01/18 (土) 03:05:08 - あの 補足しておきます。 P値と書きましたがが、これは、対応のないt検定の結果のp値です。エクセルで算出できます。 ただし、TPMに1を足した数値のLog2を、各個体の各遺伝子ごとに計算して、それらをt検定します。TPMそのものではないです。

(無題) 削除/引用 No.12790-4 - 2025/01/18 (土) 01:03:10 - おお log2fc>2は４倍ですよね。 ２倍を基準にしているのはよく見ますね。 大きな変化が望めないときは１．５倍とか FDR<0.05はサンプル数やサンプル間のぶれによるからなんとも言えないでしょうけどこれでいいんじゃないでしょうか。ノイズが入るような印象であれば下げてもいいかもしれないですけど。

(無題) 削除/引用 No.12790-3 - 2025/01/17 (金) 21:31:03 - へ ご返信ありがとうございます。 FCを下げてもう一度試してみます。

(無題) 削除/引用 No.12790-2 - 2025/01/17 (金) 20:37:13 - あの 当方では、FCは1.2 (だからlog2は、0.2630)で、P<0.01にすることが多いです。 解析に用いる遺伝子数が少なすぎるとヒットが少なすぎる、遺伝子が多すぎるとヒットするのも多すぎるので、適当にユーザーが調整するものぐらいに考えています。

GOエンリッチメント解析時のLog2FCの閾値の検討について 削除/引用 No.12790-1 - 2025/01/17 (金) 14:55:14 - へ 先日、野生型では致死的ではない、ある処理に対して感受性を示すmunantについて、原因遺伝子の変異が処理に対する応答に及ぼす影響を調べる為にRNA-seqを行い、発現変動遺伝子のfold changeとfdrを算出しました。 この際、mutantのみ発現上昇の見られたDegに対してlog2fc>2、fdr<0.05の条件でgo解析を行ったところGo termに有意なGO termが検出されませんでした。DEG自体の数は280個程でした。 この際、log2fc>1,FDR<0.05の条件で再びgo解析を行っても良いでしょうか。 また、GOエンリッチメント解析時のLog2FCの閾値はどのように決めておりますか。 ご回答宜しくお願いします。

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