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RNA-seqをする際にどの時点の細胞を使うべきか。 トピック削除
No.12773-TOPIC - 2025/01/08 (水) 08:14:19 - Got
悪性腫瘍のゲノムを解析して、遺伝子変異AとBを新たに発見しました。

機能解析が行われていないため、レンチウイルスを用いて、Hek細胞にtagのみ、遺伝子WT、遺伝子変異A、遺伝子変異Bを導入しました。
puroでセレクションをかけるのですが、初めてpuroを加えた際には、細胞は全てしっかりついていて差がありません。
しかし、死細胞を除去するために、1回継代を行うと、Bだけ接着が弱くなりすぎて、その後の培養時間が大幅に増加し、また接着しない細胞が培地に漂う状態が続くため、RNA-seqを行うとそういった本来の遺伝子の機能とは違う影響を見ていることになるのではないかと危惧しています。

基本的にAとBは共通項があるはずなので、完全に同一の状況を作り出して、4つの比較を行いたいのですが、唯一puroを加えた直後のサンプルが大きな差異がないようにも見えるのですが、このタイミングでRNA-seqでの比較を行うのも手でしょうか。
 
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(無題) 削除/引用
No.12773-5 - 2025/01/10 (金) 06:01:57 - おお
くわえると、その変異による動く遺伝子(マーカー)などでわかっているものがあれば、予備実験でそういうものが変化するタイミングを探って決めるということも方法論だと思います。

(無題) 削除/引用
No.12773-4 - 2025/01/09 (木) 04:31:23 - おお
>[Re:3] Gotさんは書きました :
> Bは少し特殊な変異です。
> 実は、非ウイルスによる導入方法でも同様の結果が出ています。

その実験でなにかの遺伝子やタンパク質の変化を見てますか?WTの結果でもいいですので、関係する機能に関すると思われるものが動くタイミングあるいは検出されたタイミングはいつですか?

その変異は遺伝的、あるいは変異が入るアレルの数的にドミナントですかそれとも劣勢遺伝子ですか?劣勢であってそのことに着目しているならWTでの生理的あるいは遺伝子発現レベルで変化がある時点を考えるのは自然な流れです。

>
> しかし、AとBは同じ腫瘍に出るホットスポット変異で、頻度も高いので、確実に機能は同じはずです。

まあそうかも知れませんけど、私はそこまで決めつけないです。ならなんでBだけ死細胞(?)が増えるのだろうと思いませんか?特殊といっているのはなにか違うということですよね、生理的な意味で特殊と言っているのであれば。それに一緒だったら比較する意味は、、、どうもちょっと違和感を感じます。


例えばトランジェントトランスフェクションで細胞の反応を見るときはトランスフェクションから24から48時間で細胞を回収するケースはおおいいです。そういう系は結構使われているのは事実ですが見たい事象によりこれがベストかが決まります。カスペースの活性化などでは時間単位で劇的な変化が起きますので、活性化する過程が見たいのか、活性化した直後が見たいのかなどでもタイムポイントが変わるでしょう。極端な言い方をすると、あなたの遺伝子とその研究においていつがいいのかと言われても「わかりません」と答えるしかありません。

わからないなりにもいつがいいかというならば細胞が死んでしまえば実験的にはあまり正確なことを言えなくなりますので感染後目立った細胞死が起きるまえ(感染後24から48時間後でわざわざまきかえない)にみるのは手かと思います。しかし細胞の接着力が低下してそのために起こることが見たいというのであれば(死んで接着しなくなるのではなく)、接着が弱い状態で回収するというのもありでしょう。フェノタイプが現れているんだからそのときに回収するということです。

(無題) 削除/引用
No.12773-3 - 2025/01/09 (木) 03:27:11 - Got
Bは少し特殊な変異です。
実は、非ウイルスによる導入方法でも同様の結果が出ています。ベクターも異なる骨格です。

しかし、AとBは同じ腫瘍に出るホットスポット変異で、頻度も高いので、確実に機能は同じはずです。

ですので、厳密に比較を行いたいと考えています。

おっしゃる通り、B以外はほとんど死細胞は出ません。

(無題) 削除/引用
No.12773-2 - 2025/01/08 (水) 09:07:34 - おお
レンチウイルスベクターのタイターが違ってBだけ感染細胞数が低いということはないですか?

>死細胞を除去するために

といいますがHEKならタイターが十分なら私の経験では(毒性を示すような遺伝子出ない限り)目立って死ぬ細胞はいません。


Bの性質によるものという可能性もありますが、そう言えるように実験系を検証しないと何も言えなくなるか誤った結論を出してしまうかもしれません。

RNA-seqをする際にどの時点の細胞を使うべきか。 削除/引用
No.12773-1 - 2025/01/08 (水) 08:14:19 - Got
悪性腫瘍のゲノムを解析して、遺伝子変異AとBを新たに発見しました。

機能解析が行われていないため、レンチウイルスを用いて、Hek細胞にtagのみ、遺伝子WT、遺伝子変異A、遺伝子変異Bを導入しました。
puroでセレクションをかけるのですが、初めてpuroを加えた際には、細胞は全てしっかりついていて差がありません。
しかし、死細胞を除去するために、1回継代を行うと、Bだけ接着が弱くなりすぎて、その後の培養時間が大幅に増加し、また接着しない細胞が培地に漂う状態が続くため、RNA-seqを行うとそういった本来の遺伝子の機能とは違う影響を見ていることになるのではないかと危惧しています。

基本的にAとBは共通項があるはずなので、完全に同一の状況を作り出して、4つの比較を行いたいのですが、唯一puroを加えた直後のサンプルが大きな差異がないようにも見えるのですが、このタイミングでRNA-seqでの比較を行うのも手でしょうか。

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