Bio Technical フォーラム

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Indel 配列決定 トピック削除
No.12768-TOPIC - 2025/01/03 (金) 17:42:49 - おお
2倍体でクリスパーでゲノムをカットしてインデルを作った場合2、ターゲットの付近の配列を読むと2種類の配列が混在することはよく目にします。

ソフト(アプリ)などで二種類の配列を抽出したり出来るようですがフリーで出来るもの、Webツールとかないでしょうか?昔からあるDNA解析ソフトで機能が追加されているならもしかしたらやりやすいかもしれません。

お知恵を拝借できればと思います。
 
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(無題) 削除/引用
No.12768-5 - 2025/01/09 (木) 07:37:58 - おお
皆さんありがとうございました。もうすぐデーターが上がってくると思いますので、使いながらどれがいいか見てみます。

(無題) 削除/引用
No.12768-4 - 2025/01/08 (水) 21:19:01 - AA
ICE Analysis
https://ice.editco.bio/

WTとmutantのサンガーシーケンス生データが必要ですが使い勝手はかなりいいです

(無題) 削除/引用
No.12768-3 - 2025/01/08 (水) 15:48:11 - x
http://yosttools.genetics.utah.edu/PolyPeakParser/
使ったことはありませんが

(無題) 削除/引用
No.12768-2 - 2025/01/04 (土) 01:47:10 - おお
https://tide.nki.nl/
このあたりですかね。他に情報があれば書き込み歓迎します。

Indel 配列決定 削除/引用
No.12768-1 - 2025/01/03 (金) 17:42:49 - おお
2倍体でクリスパーでゲノムをカットしてインデルを作った場合2、ターゲットの付近の配列を読むと2種類の配列が混在することはよく目にします。

ソフト(アプリ)などで二種類の配列を抽出したり出来るようですがフリーで出来るもの、Webツールとかないでしょうか?昔からあるDNA解析ソフトで機能が追加されているならもしかしたらやりやすいかもしれません。

お知恵を拝借できればと思います。

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