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スプライシングバリアント検出のためのTaqMan probs トピック削除
No.12767-TOPIC - 2025/01/03 (金) 11:30:23 - おお
スプライシングバリアント検出のためのTaqMan probsですが、プライマーを見たい2つのスプライシングバリアントを両方が増幅できるようにして、TaqMan probsが両方検出できるようにすることは理論上可能です(そういったやり方もあるようです)。一方それぞれのバリアントに特異的なプライマーを作り、それに合わせてプローブを作るのもよく見かけます。

Humanizeされたマウスで人の遺伝子特異的に検出しないといけないので色々と制約があり前者のやり方がデザインするのに楽ではあります。

qPCRでのスプライシングバリアント検出について皆さんの経験やお考えを伺いたいと思ってます。
 
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(無題) 削除/引用
No.12767-4 - 2025/01/07 (火) 02:21:27 - おお
もう少し整理して書いてみます。

2つのスプライシングバリアントを検出してある生理状態とか刺激によるその変化(比など)を求めたく思ってます。2つのスプライシングバリアントを検出する際TaqMan probeとプライマーのセッティングで複数のアプローチがあり得ると思われます。

・TaqMan probeを共通の配列に設定して2つのスプライシングバリアントのそれぞれに特異的なプライマーセットを用意する。

・TaqMan probeをそれぞれのスプライシングに特異的な配列からデザインしプライマーセットを共通なものにする。

・TaqMan probeとプライマーセットはそれぞれのスプライシングバリアントごとにデザインしてプライマーもプローブも違うものを用意する。

皆様がとったやり方、試したやり方がどのやり方で、どれが良かったとか、ワークしなかったとか、感触や感想など伺いたいと思います。

(無題) 削除/引用
No.12767-3 - 2025/01/05 (日) 19:23:39 - XX
ヒトには具体的なポイントを要求するが、自分の質問は具体的にかけない。

(無題) 削除/引用
No.12767-2 - 2025/01/05 (日) 01:22:09 - 774R
結局、何を調べたいのか読み取れん

スプライシングバリアント検出のためのTaqMan probs 削除/引用
No.12767-1 - 2025/01/03 (金) 11:30:23 - おお
スプライシングバリアント検出のためのTaqMan probsですが、プライマーを見たい2つのスプライシングバリアントを両方が増幅できるようにして、TaqMan probsが両方検出できるようにすることは理論上可能です(そういったやり方もあるようです)。一方それぞれのバリアントに特異的なプライマーを作り、それに合わせてプローブを作るのもよく見かけます。

Humanizeされたマウスで人の遺伝子特異的に検出しないといけないので色々と制約があり前者のやり方がデザインするのに楽ではあります。

qPCRでのスプライシングバリアント検出について皆さんの経験やお考えを伺いたいと思ってます。

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