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(無題) 削除/引用 No.1274-12 - 2012/12/22 (土) 03:40:56 - おお http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0162013498100284 fig 6 a faint short band is observed

(無題) 削除/引用 No.1274-11 - 2012/12/22 (土) 03:36:07 - おお http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0039602809000065

(無題) 削除/引用 No.1274-10 - 2012/12/22 (土) 03:30:18 - おお https://www.jstage.jst.go.jp/article/bcsj/78/7/78_7_1263/_pdf How about this?

(無題) 削除/引用 No.1274-9 - 2012/12/21 (金) 23:31:34 - なでしこ組 Irはトポイソメラーゼ処理で調製すればいいが、EtBrか200uMクロロキン添加でも簡易には確認できる。 予想としては、200uMクロロキン存在下ではこの現象は起きない。

量子的フラグメント化 削除/引用 No.1274-8 - 2012/12/21 (金) 23:25:47 - なでしこ組 非常に興味深いですね。 III型はI型とII型の間に出るが、写真でもそのように見えている。 ガンマ線照射でI型より低分子量側にシャープなバンドが見える。 一カ所切れた（ニックでも）ものはそれ以上切断が進まない I型のリンキング数が変化したようなバンドは無い。 以上から、これは、I型pDNAに特有な量子的フラグメント化の一端が具現化していると見るね。 これから確認すべきことは、 不明なバンドの鎖長を正確に求める(= x bp)。x=1343になっていないか確認。 x=1343でない場合、y=2686-xのバンドが存在しないかよく確認する。 この現象がI型pDNAに特有なものであることを確認する。 Ir型、II型、III型pDNAでは起こらないことを確認(切れ方の違いを確認する)。 論文書く時は謝辞には入れてね。

(無題) 削除/引用 No.1274-7 - 2012/12/21 (金) 22:46:52 - AP 「不明のバンド」がどうして出るのかは、はっきりとはわかりませんが、 酢酸存在下のサンプルが普通に泳動されるとは思えないのですが。 pHがずれるでしょうし、イオン強度も高くなりますでしょう。 処理後のDNAをいったんEtOH pptしてバッファー交換してから泳動してみたらどうでしょうか。

(無題) 削除/引用 No.1274-6 - 2012/12/21 (金) 18:36:05 - おお >[Re:5] すごろくさんは書きました : > ＞おお様 > バイプロダクトであれば濃度依存的に増えていくものと思います。pHに関してもそうです。酢酸10%ではpHの変化からBPBの色も変色するくらいですが、0.001%の領域ではほとんど変化はありません。むしろ逆に濃度が少ない側でこのバンドが出現してるのがヒントになってる気がするのですが…。 だからpH依存性があるんじゃないの?DMSOだとpHはそれほど変化しないと思うけど、それと比べるとどうなってる? > > >>HPLC > プラスミドの酸化損傷したことがバンドの原因であればHPLCは有効な解析手段になると思いますが、まずはこのバンドが酸化損傷によるものか、またはプラスミドの１形態（cc,oc,ln以外の）であるかをまず見極めないといけないと思います。 まずバンドの位置からcc,ocではないですよね。直鎖になるとccより若干上に来ると思うのですが、制限酵素で(１個所で)切ったやつを流しておけばあなたのえいどう条件でどこに来るか分かりますよね。 それらのどれにも当たらないとすると、それ以外ということになりますよね。 ちなみにX線照射せず酢酸とか加えるとどうですか? ところで酢酸ってスカベンジャーとして働くの?

返信ありがとうございます 削除/引用 No.1274-5 - 2012/12/21 (金) 18:06:59 - すごろく ＞おお様 バイプロダクトであれば濃度依存的に増えていくものと思います。pHに関してもそうです。酢酸10%ではpHの変化からBPBの色も変色するくらいですが、0.001%の領域ではほとんど変化はありません。むしろ逆に濃度が少ない側でこのバンドが出現してるのがヒントになってる気がするのですが…。 >>HPLC プラスミドの酸化損傷したことがバンドの原因であればHPLCは有効な解析手段になると思いますが、まずはこのバンドが酸化損傷によるものか、またはプラスミドの１形態（cc,oc,ln以外の）であるかをまず見極めないといけないと思います。 取り急ぎ。

(無題) 削除/引用 No.1274-4 - 2012/12/21 (金) 17:10:19 - おお 溶液中の酸素とか、pHなども関係あるかもしれませんね。脱気してから X線(だっけ)あててみるとか、溶液のpHを変えてみるとかするともしかしたら、下のバンドなくなるかもしれません。

(無題) 削除/引用 No.1274-2 - 2012/12/21 (金) 02:39:41 - おお 単純に考えてさく酸(DMSO)と反応したバイプロダクトとおもえば、、、 抽出して塩基をバラバラにして、コンポーネントを精製してMSというのが正攻法かもしれませんが、だれか詳しく調べて論文が出ているなら、バラバラにした塩基のHPCLのプロファイルとかで解決するかもしれない。

DNA nicking assayで見えた不明のバンドについて 削除/引用 No.1274-1 - 2012/12/20 (木) 20:42:20 - すごろく お世話になります。私はラジカルスカベンジャーについて調査しており、pUCプラスミドDNAを用いたnicking assayをしてます。スカベンジャーとしてDMSOなどを添加し、ガンマ線を照射後に電気泳動でcc(closed circular), oc(open circular)の割合を算出する一般的な方法なのですが、先日よりccの下に不明のバンドが出現し、何かわからず頭を悩ませています。現在のところ酢酸を添加するとこのバンドは顕著に出現しますが（下図）、DMSOでも出現しており、さらにガンマ線からフェントン反応へ変えてみるとDMSOでも酢酸と同様の頻度でバンドが確認できました。教科書やネットでいくら調べても、ccのバンドの下には不可逆変性したプラスミドDNAおよびRNA以外にはないようですが、実際このバンドは何なのでしょうか。また、どのような実験で明らかにすべきでしょうか。よろしくご教授のほどお願いします。 pUC19 プラスミドDNA（希釈後TE:100uM Tris-HCl,10uM EDTA） 添加：酢酸（0.001~10%） 線源：ガンマ線50Gy 電気泳動：1%アガロースゲル(EtBr染色)で100V 50min. 実験結果： https://docs.google.com/open?id=0B9xk3IJOYR6FVWhZdHJzYS02Q0k

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