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(無題) 削除/引用 No.12739-5 - 2024/12/20 (金) 00:55:02 - おお そのタンパク質の細胞での役割、siRNAのデザイン（効率的にベストの位置かどうか）、スプライシングなどのアイソフォームの存在とか色々ファクターがありますので、はっきりとしたことは言えません。 もしそのsiRNAで試すなら２４時間から４８時間後にもう一度トランスフェクションするということもありかもしれません。導入効率はどんなもんでしょう。強く抑制できる配列であっても５０％ぐらいしか入ってないなら抑制効率は５０％未満になってしまいます。 またPublishされたデーターでどの配列が使われているかなども調べてみるといいかもしれません。なければデザインを変えてみるとかも方法ですし、今まで使ってきたものを混ぜて使うとかもできるでしょう。効果の違うsiRNAがあるなら抑制効率と見ている現象の相関も見られるのでいいかもしれません。 siRNAもいろいろと工夫が重ねられているようです。IDTはDicerの基質になるような２７mｅrで商品化しているようですし、安定性を考慮した修飾なんかも模索されていたと思います。 Dicer-Substrate Short Interfering RNAs (DsiRNAs) https://www.idtdna.com/pages/products/functional-genomics/dsirnas-and-trifecta-rnai-kits#product-details とはいえデザインを変えてもなかなか抑制できないターゲットもあるにはあります。そういうのはどうでしょう、細胞を変えるとうまくいく場合があるかもしれません。

(無題) 削除/引用 No.12739-4 - 2024/12/18 (水) 18:45:27 - asan siRNAだから半分までしか落ちないという話はありません。 配列の効率が良くないのか、トランスフェクション効率や濃度の問題なのか、その辺は実験者が検討したりして判断するものでしょう。

(無題) 削除/引用 No.12739-3 - 2024/12/18 (水) 14:07:09 - 独り言 ノックダウンだと、効率的に減少させることが難しいことはよくあります。 ラボでsiRNAノックダウンの条件が決まっていないのであれば、濃度や時間などいろいろ検討すると変わるかもしれません。 それでも、いまいちであれば、siRNAの配列を変えて試すのがいちばんだと思いますが、効率的な減少には限界があるのが現状です。（遺伝子の発現量や、細胞によってsiRNAの導入、効きにくさなどある）。 CIRSPRができるのであれば、そちらのほうが、確実なKOがとれるでしょう。

(無題) 削除/引用 No.12739-2 - 2024/12/18 (水) 13:48:06 - 774R mRNAが十分減らせてないならsiRNAの増量だし、一部のタンパク質が複合体などに含まれるとかでターンオーバーが遅いのなら時間を延ばすかな。

RNAiで標的タンパク質の量が半分までしか減少できない件。 削除/引用 No.12739-1 - 2024/12/18 (水) 10:11:49 - cvb RNAiである遺伝子の発現抑制しています。方法は説明書のスタンダードのプロトコルに準じてます。蛋白質レベルで、negative control RNA処理群と比べて24hで1/2くらいまで減少するのですが、そこから72hr以上待ってもそれ以上は減りません。このような場合は、siRNAを増量すれば良いのでしょうか。

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