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同一細胞株から分けたサンプル群の統計検定は対応あり? トピック削除
No.12736-TOPIC - 2024/12/16 (月) 12:30:49 - 匿名
大学院生です。

実験計画を立てる上で、統計解析に不安があるため、お聞きしたいです。

これから、1つの細胞株から6枚のディッシュに細胞を播種し、そのうち3枚を薬剤の刺激あり群、3枚を刺激なし群としてプロテオミクス解析を行う予定です。この場合、統計検定は『対応のある2群』として扱うべきでしょうか?
 
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(無題) 削除/引用
No.12736-5 - 2024/12/17 (火) 14:14:02 - う
刺激前後を同じプレートで測った時が対応アリだと思う。例えば上清中のタンパクとか。


6枚独立ならテクニカルトリぷりけーとで対応無いと思うんですけど。

(無題) 削除/引用
No.12736-4 - 2024/12/17 (火) 02:29:52 - おお
対応のある2群

の検定をするのは3つの変数がある時です。
例えば
コントロール
テスト
マウスID

この場合コントロールとテストの結果はマウスIDに縛られています。
わかりにくいかもしれないのでどんな実験があるか書きますと。
コントロール:処理前の血液
テスト:処理後の前の血液
マウスID

また左右対象に組織があるような場合
コントロール:右の組織(mock・sham)
テスト:左の組織
マウスID


1つの細胞株から2枚のディッシュに細胞を播種し一方を処理し、もう一方をコントロールにしたのを3回繰り返せば理屈として対応ありの統計処理は必要に応じてやることはあるかもしれません。しかしながらもともと同一細胞といえるし、毎回の操作がブレるわけでもなければやらないことのほうが多いと思います。しかし、毎回相対定量でコントロールの何倍とか言う数字になるなら対応ありという話もなくはないです(この場合はOne sample T testなどとすることもあるかと)。

上記で対応ありでやるとすれば3つのパラメーターは、
テスト
コントロール
細胞の継代数(実験日時)

要するに質問に示された実験では3つ目のパラメーターが明確ではありません。qqさんの指摘を具体的にしめしただけの話ですが。

形式的に細胞懸濁液を3つのチューブに分けてチューブAから撒いた細胞のペアーなどとすると対応ありになりますが、それって普通に細胞懸濁液を6等分するのと何が違うのという話でもあります。

(無題) 削除/引用
No.12736-3 - 2024/12/16 (月) 15:02:33 - qq
C1,C2,C3(刺激なし)S1,S2,S3(刺激あり)があって、
S1-C1, S2-C2, S3-C3が、差がないという帰無仮説だとして検定するときに、対応のある検定をするのだと思いますが、
3枚ずつのどれとどれが対応がある組み合わせであるというのか説明できますか?
測定値の大きい順に並べるのは不適当でしょう。対応のない検定をお勧めします。

この実験(C1,S1で構わない)を複数回実施して、それぞれの代表値を対応のある検定にかけるのは良いような気がします。
他の方のご意見も参考にしたいところです。

(無題) 削除/引用
No.12736-2 - 2024/12/16 (月) 13:27:19 - 2
同じものを二つに分けてるので、元は同じものなので論理的には「対応あり」の2群比較と思いますが、あまりそこまで意識せずにやってる人もいます。

同一細胞株から分けたサンプル群の統計検定は対応あり? 削除/引用
No.12736-1 - 2024/12/16 (月) 12:30:49 - 匿名
大学院生です。

実験計画を立てる上で、統計解析に不安があるため、お聞きしたいです。

これから、1つの細胞株から6枚のディッシュに細胞を播種し、そのうち3枚を薬剤の刺激あり群、3枚を刺激なし群としてプロテオミクス解析を行う予定です。この場合、統計検定は『対応のある2群』として扱うべきでしょうか?

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