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In-fusion cloningについて トピック削除
No.12706-TOPIC - 2024/11/29 (金) 14:42:35 - はか
いつも勉強させていただいてます。
この度私の研究室でBioID法を用いた実験を行うことになったのですが、そこで使用するプラスミドをの設計を任されました。
これまで遺伝子工学の知識が全くないため一から勉強しつつ模索しているところで、こちらで質問させていただきました。
ベクターのC末端側にBioIDをインサートする予定なのですが、例えばベクターが5000bpの長さで4200bp-4700bpの範囲に他の因子と相互作用するドメインがあるとすると、ベクターをリニアライズする際、この範囲を避けて4200bpよりも手前あるいは4700bp以降の箇所でリニアライズしますか?それとも4200bp-4700bpの中で切っても大丈夫なのでしょうか?
また、一般的に切る箇所はRestriction site (Pstl, Xhol, HindIII, BamHIなど)という認識でよかったでしょうか。
この辺の知識不足なので詳しい方教えていただけると助かります。
 
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(無題) 削除/引用
No.12706-5 - 2024/11/29 (金) 19:10:13 - はか
774R様
こちらで質問する以前の知識すら持ち合わせていなかった自身を恥ずかしく思います。
いろいろとご指摘いただきありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.12706-4 - 2024/11/29 (金) 16:56:59 - 774R
>終止コドンに一番近い制限酵素部位を切ってインサートということでよろしかったでしょうか。

終始コドンの後ろでは融合タンパク質にならないし、終始コドンの前の場合、相互作用するドメインが削れるリスクがある。

一般的なやり方は、終始コドン除き、その後ろに適度なリンカーを介してBIOIDを連結することでしょう。

(無題) 削除/引用
No.12706-3 - 2024/11/29 (金) 16:24:04 - はか
774R様
ご指摘ありがとうございます。
勉強不足を痛感しております。
C末端にBioIDを入れる場合、終止コドンに一番近い制限酵素部位を切ってインサートということでよろしかったでしょうか。

(無題) 削除/引用
No.12706-2 - 2024/11/29 (金) 15:17:47 - 774R
>ベクターをリニアライズする際、

最初に言葉遣いの問題ですが、リニアライズはどうでもよくて、肝心なのはどこにBIOIDを挿入するかが重要でしょう。
普通、相互作用するドメインの内部に余計な配列を入れたいとは思いませんよね?それによって相互作用が阻害される可能性が高いから。
なので、通常はN末かC末に入れます。

切るなら制限酵素サイトだし、切らずに線状にするならinverse PCR

In-fusion cloningについて 削除/引用
No.12706-1 - 2024/11/29 (金) 14:42:35 - はか
いつも勉強させていただいてます。
この度私の研究室でBioID法を用いた実験を行うことになったのですが、そこで使用するプラスミドをの設計を任されました。
これまで遺伝子工学の知識が全くないため一から勉強しつつ模索しているところで、こちらで質問させていただきました。
ベクターのC末端側にBioIDをインサートする予定なのですが、例えばベクターが5000bpの長さで4200bp-4700bpの範囲に他の因子と相互作用するドメインがあるとすると、ベクターをリニアライズする際、この範囲を避けて4200bpよりも手前あるいは4700bp以降の箇所でリニアライズしますか?それとも4200bp-4700bpの中で切っても大丈夫なのでしょうか?
また、一般的に切る箇所はRestriction site (Pstl, Xhol, HindIII, BamHIなど)という認識でよかったでしょうか。
この辺の知識不足なので詳しい方教えていただけると助かります。

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