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(無題) 削除/引用 No.12702-3 - 2024/11/26 (火) 16:33:29 - う あるエクソンをノックアウトしたら、そのエクソンを持たない分子量が小さいスプライシングバリアントがめっちゃ発現したことがあります。ゲノムDBをよく見たらそのバリアントのトランスクリプトが一つだけ登録されていて、それが増幅したとわかりました。そのエクソンは触媒部位なので機能を失った場合の表現系として論文は書きましたけど、全長ノックアウトしとけば良かったと思ってます。 事例です。

(無題) 削除/引用 No.12702-2 - 2024/11/26 (火) 01:30:21 - おお 何とも言えませんが、普通はsiRNA を設計する時点でバリアントがカバーされているかは意識すると思ってます｡どうでしょうか。 もう一つの可能性はパラログですが、そっちの方はどうでしょうか。 エピトープを意識しないといけませんが違う抗体でも認識するかも確認してみるといいかもしれない。

RNAiの話 削除/引用 No.12702-1 - 2024/11/25 (月) 21:09:18 - rtyふ あるモノクローナル抗体でwbすると分子量のことなる２本のバンドが出ます。siRNAでknock downすると、一方のバンドが消えて、もう一方のバンドが増加します。もともとは後者は関係ないタンパク質かとおもってたのですが、両者は連動して変化しているので無視できない感じです。スプライシングバリアントなどであるバリアントが発現抑制かかるとsiRNAのターゲットにならない別のものが代償的に増えるとかかなあとも思うのですが、こういう経験ありますか。

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