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(無題) 削除/引用 No.1270-7 - 2012/12/20 (木) 04:29:50 - あてな 皆様、丁寧な回答をありがとうございました。 これで、一応、安心してHpy188IIIを使えそうです。

(無題) 削除/引用 No.1270-6 - 2012/12/20 (木) 04:00:09 - KY そのFAQはパリンドロームである必要はないという意味のようです。 それでも心配であれば、Hpy188IIIの組み合わせは TCaaGAxxxxTCagGAxxxxTCacGAxxxxTCatGAxxxxTCtaGAxxxxTCtcGAxxxxTCtgGAxxxxTCttGAxxxxTCcaGAxxxxTCccGAxxxxTCcgGAxxxxTCctGAxxxxTCgaGAxxxxTCgcGAxxxxTCggGAxxxxTCgtGA のように１６個あります。 この配列をNEB cutterでサイト予測すると http://tools.neb.com/NEBcutter2/showdig.php?name=c1d897f3- 全部Hpy188IIIの候補となります。 NNの場合でもパリンドローム配列要求ってあるんですかね。 そもそもなぜパリンドロームなのか？ II型酵素に分類されるものがパリンドローム認識ですが、それらはダイマーとして機能するのです。だから上下で同じ配列を認識しているのです。 ということはですよ、NNはどれでもいい配列ということは、その配列をその酵素は認識していないと考えられます。にも関わらず２つの組み合わせが特定でないというのは変だとおかしいと思います。 （もしダイマーではなくモノマーで働いてパリンドロームを認識するような酵素であれば、そんなこともありえるかも）

(無題) 削除/引用 No.1270-5 - 2012/12/20 (木) 03:46:02 - おお http://www.neb.com/nebecomm/products/productR0633.asp ちなみにこういうのってNのぶぶんがパリンドロームになっているとおもえないですよね。

(無題) 削除/引用 No.1270-4 - 2012/12/20 (木) 03:37:33 - おお 基本的に配列は何でもいいです。もし配列に制限があるなら RとかWとかMとか複数塩基の組み合わせの記号が使われているはずです。 パリンドロームならなんでも良いという制限酵素はしりません。酵素はたいていパリンドローム自身を認識するというよりも塩基を認識しているだろうと思えますが。 気になるなら、てもとの制限酵素地図(認識部位)をソフトで調べてみればいいかとおもいます。NNのすべての組み合わせを(すなわち任意の塩基)いれて、認識するか見てみればいいのではないでしょうか。 NEBにもWEB上ので使えるアプリがありますよね。 もしかしたら組み合わせによるプレファレンスは若干あるかもしれませんが、酵素の説明に載っていないならそれほど顕著でないのかもしれません。

(無題) 削除/引用 No.1270-3 - 2012/12/20 (木) 02:30:19 - あてな > NNはどの塩基でも良いという意味です。 NEBのホームページのHpy188IIIに対してのFAQのところで"Do degenerate recognition sites need to be palindromic?" (http://www.neb.com/nebecomm/products/faqproductR0622.asp#3)という文章があり、この回答文が質問に対しての回答になっていないので理解できず、もしかしたら、パリンドロームになっている必要があるのかという意味なのかと思ったのですが、そういう制限は無いという理解でいいのですか？ では、仮に、NNがパリンドロームの関係でなければならないといった場合には、どういう表記になるのでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.1270-2 - 2012/12/20 (木) 02:15:52 - KY NNはどの塩基でも良いという意味です。

制限酵素の認識配列のNNというのは制限付きですか？ 削除/引用 No.1270-1 - 2012/12/20 (木) 01:01:41 - あてな 制限酵素”Hpy188III”を使って、これの認識配列の”TCNNGA”を切断したいと思っています。 NEBのホームページ (http://www.neb.com/nebecomm/products/productr0622.asp)には、特に認識部位についての注意事項が見当たらなかったのですが、こういう場合、NNというのは、すべての組み合わせと考えていいのでしょうか？それとも、NNは、パリンドロームになるような関係（CG,GC,TA,AT)に限定されているのでしょうか？

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