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ウェスタンブロッティングにおけるサンプルバッファーの意味 トピック削除
No.12689-TOPIC - 2024/11/18 (月) 15:04:03 - ゆなうな
お世話になります。

今度、ウェスタンブロッティングをするのですが、サンプル濃度が薄く、1lane当たりの添加量がlaneの許容量を超えてしまっています。

そこでお尋ねしたのですが、サンプルバッファーは泳動にあたってどういった意味があるのでしょうか。

サンプルバッファーには、
@タンパク質の泳動を助けるため(重石の役割)とA泳動がどこまで進んだかを確認するマーカーの役割
があると理解しています。

もしそれ以外の意味がないのなら、サンプルに添加する量を減らすことを考えています。

どうぞよろしくお願いいたします。
 
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(無題) 削除/引用
No.12689-28 - 2024/12/11 (水) 16:34:52 - おお
>[Re:25] 23e4r5さんは書きました :
> 前に実験書で変性後のIPの方法で、SDSはーーーーー社の生化学用を使うようにという注意書き見たことあります。他のはタンパク質に強固に結合して外れにくいのでということらしい。

これってどうやって調べたんでしょうね。。。よく感覚的なスペキュレーション混ぜたりする人もいるので、、、精製度の違いで炭素鎖の長い夾雑物が少ないとか言う事なんでしょうか。

(無題) 削除/引用
No.12689-27 - 2024/12/11 (水) 05:35:50 - おお
https://www.ecotechbiotech.com/product-page/laemmli-sample-buffer-10x#:~:text=ClearBand%20Laemmli%20Sample%20Buffer%2010x%20is%20a,Laemmli%20Sample%20Buffer%2010x%20prior%20to%20use.

詳細はわからないけど10xで売ってたりもしますね。

(無題) 削除/引用
No.12689-26 - 2024/12/10 (火) 17:34:05 - かけだし
前のラボでのレシピだったので、作り方を鮮明には覚えていませんが10xSBを使用していたことだけは印象的だったので覚えています。
混乱させてしまってすみません。

(無題) 削除/引用
No.12689-25 - 2024/12/08 (日) 00:32:19 - 23e4r5
SDSってメーカーとかグレードによって、溶解度とか、性質がちょっとずつ違うような気がしてます。前に実験書で変性後のIPの方法で、SDSはーーーーー社の生化学用を使うようにという注意書き見たことあります。他のはタンパク質に強固に結合して外れにくいのでということらしい。
うちのSDSはどんなに頑張って一生懸命溶かしてもギリギリ15%がやっとで、それもなんとか溶けてもちょっと寒いとすぐ析出します。でも20%SDSとか普通に売ってるし。
なので濃いsample buffer作るのは質問者のとこのSDSがどのくらいまで溶かせるかにもよると思います。

(無題) 削除/引用
No.12689-24 - 2024/12/06 (金) 04:00:03 - おお
ちなみにわたしは1から3ugぐらいの細胞からのLysatesをのせることは度々あります。

(無題) 削除/引用
No.12689-23 - 2024/12/05 (木) 18:11:06 - おお
普段、しっかり検出できているような物であれば、私ものせる量を半分にしてもあまり結果に影響するような物でもないと思います。

(無題) 削除/引用
No.12689-22 - 2024/12/05 (木) 12:34:22 - う
ウエスタンぶろっティングなんだし、そもそもサンプル量を半分とか1/3に減らしても対して変わらないから減らせばいいんじゃないかと思うんだけど、解決したんだろうか

(無題) 削除/引用
No.12689-21 - 2024/12/04 (水) 21:17:49 - 10x
ずっと前、10x サンプルバッファーを作ったような記憶があります。glycerol, 2MEではなくsucroseとDTT,あとSDSも同じ液に粉を直接溶かして液量が増えないようにした気がします。

(無題) 削除/引用
No.12689-20 - 2024/12/03 (火) 12:43:46 - う
幸い、私のラボはアクリルアミドゲルを手作りすることが全く無くなって、TEMEDやAPSって何?って感じになってますが、それでも仕事は何とか進んでます。レトルト食品でも美味しいならいいか、という状態。

(無題) 削除/引用
No.12689-19 - 2024/12/03 (火) 12:24:02 - noname
10x にすると、還元剤とかトリス、SDS、glycerolを入れたらそもそも容積がオーバーしてしまうから、一般的な組成から結構変わってしまうような気がします。

(無題) 削除/引用
No.12689-18 - 2024/12/03 (火) 12:13:12 - あの
かけだしさんの書いた、10xSample Buf.に興味があります。

最重要なSDSの20%液はつくれるだろうし、和光とかからでも購入できる。

グリセロールは目的(ロードしやすく粘性をもたせる)から考えて10%でよいでしょう。

一般的でない理由は、何でしょう?還元剤の添加可能量?

(無題) 削除/引用
No.12689-16 - 2024/12/03 (火) 04:12:30 - おお
ふとおもうのだけど、最近の生化学とか実習、研究室に入ったときの初期などでバッファーや使う溶液に含まれているものがどんな意味を持っているのか理解するような指導はしてないのでしょうか。

たしかにいまはKit化していて何が入っているかよくわからないままAとBをまぜて、、、みたいなのもおおいけど(これってバッファーの組成とその意味を考えて実験しているとかなり気持ち悪い)。

(無題) 削除/引用
No.12689-15 - 2024/12/03 (火) 04:07:35 - おお
一応やれそうなこととしては20%SDSを10分の1量(タンパク量が少ないなら、10%SDSを10分の1量でもいいでしょう、1gの蛋白に対して2g弱のSDSがつくということを意識すればいい)、1M DTTを十分の1量(2MEのときは自分で計算して)、グリセロールを10分の1量入れれば大体サンプルバッファーを加えたのと同じぐらいになる。色素はそれのどれかに加えておけばいい。100%グリセロールはいれる容量をコントロールしにくいので80%グリセロールにするとか500mMDTT、50%グリセロールプラス色素を5分の1量加えてもいいでしょう。

でもこれって4xサンプルバッファーを加えているのと同じ。

(無題) 削除/引用
No.12689-14 - 2024/12/03 (火) 03:54:49 - おお
>[Re:13] みさんは書きました :
> >[Re:12] かけだしさんは書きました :
> > たくさんお答えがでていますが、当方は10xSample Buf.を自作していまし
> いちおう突っ込んどきます
> Laemmli bufferの終濃度でいうとGlycerolは10%, SDSは2%ですよね。
> そうなると10x Sample bufferは100% Glycerol, 20% SDSで作製しないといけない。。。その他にTrisやら還元剤やらも入ってくるから調製不可能ですよね?
> DNA sample bufferと勘違いされてません?
>

6xが知っている限り最も高濃度ですね。でもドロドロ感があって使いにくい。

(無題) 削除/引用
No.12689-13 - 2024/12/02 (月) 16:14:54 - み
>[Re:12] かけだしさんは書きました :
> たくさんお答えがでていますが、当方は10xSample Buf.を自作していました。
> ですので、自分の実験系にあったものを作ってしまうのもありです。レシピはネットなどにいくらでも転がっています。


いちおう突っ込んどきます
Laemmli bufferの終濃度でいうとGlycerolは10%, SDSは2%ですよね。
そうなると10x Sample bufferは100% Glycerol, 20% SDSで作製しないといけない。。。その他にTrisやら還元剤やらも入ってくるから調製不可能ですよね?
DNA sample bufferと勘違いされてません?

(無題) 削除/引用
No.12689-12 - 2024/12/02 (月) 15:51:23 - かけだし
たくさんお答えがでていますが、当方は10xSample Buf.を自作していました。
ですので、自分の実験系にあったものを作ってしまうのもありです。レシピはネットなどにいくらでも転がっています。

(無題) 削除/引用
No.12689-11 - 2024/11/19 (火) 12:27:02 - 1
SDS sample bufferに入ってるものはSDS電気泳動に必要なので入っています。おまけとかどっちでもいい飾りとかではありません。SDSがないと蛋白質を完全変性できません。グリセロールがないと試料が比重の関係でwellに収まらずwell外へ拡散してしまいます。Tri-HCl pH6.8 bufferはアクリルアミドゲル電気泳動の原理である不連続緩衝系による2段階の濃縮効果を実現するために必要です。BPBはなくても泳動自体はできますが、どこまで流れたか泳動の先端がわからないのでないと困ります。
組織なり細胞なりを可溶化する溶液の量が多すぎるのではないでしょうか。液量を今の半分にするだけでも濃度は倍になります。条件検討していい感じの蛋白質濃度になるように可溶化溶液の液量を調整してみたらどうでしょうか。もしくはもしBCA法で蛋白質濃度測定するならば、直接SDS-sample buffer (x1)(還元剤とBPBは入れないで、assayが済んだ後に加える)で可溶化してもいいと思います。

(無題) 削除/引用
No.12689-10 - 2024/11/19 (火) 05:50:51 - たこ
意味については既出なのでおいといて

6xbuffer(すでに出てたか・・・)使えばいいんじゃないですかね。
サンプルが何かにもよるけどprepするときに濃くなるようにすればいいのではないかと。
できない事情があるなら、これもまた1つ前に出てるcan get signal使えばクリアできるんじゃなかろうかと。
詳しい事情は知らないですが、もしサンプル量が少なくても検出できているなら今のままでもいいのでは・・・?

(無題) 削除/引用
No.12689-9 - 2024/11/18 (月) 17:53:37 - あの
それから次を使うと高感度にできるので、必要なサンプル量や抗体量を減らせます

 https://lifescience.toyobo.co.jp/detail/detail.php?product_detail_id=122

(無題) 削除/引用
No.12689-8 - 2024/11/18 (月) 17:50:33 - あの
ナカライで、6倍サンプルバッファ出てるけど

https://www.e-nacalai.jp/ec2/EC-srchdetl.cfm?jump=EC-srchdetl&syohin=0949914&syubetsu=3


https://www.e-nacalai.jp/ec2/EC-srchdetl.cfm?jump=EC-srchdetl&syohin=0950064&syubetsu=3

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