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大腸菌の遺伝型に関して トピック削除
No.12686-TOPIC - 2024/11/16 (土) 20:24:08 - らりあちん
大腸菌に遺伝型に関するデータベースのようなものはあるでしょうか。

また例えばDH5αでも、様々なサイトを比較すると、deoRやphoA等マイナーチェンジがありますが、それはメーカーの販売により、異なるということでしょうか。
 
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(無題) 削除/引用
No.12686-3 - 2024/11/18 (月) 14:58:31 - G25
私がよく参照するのは
https://openwetware.org/wiki/E._coli_genotypes
https://ecoliwiki.org/colipedia/index.php/Category:Strains
特に前者

大腸菌に限らないけれど、genotypeって遺伝子網羅的に記述するものではないですよね。注目する必要のない遺伝子の遺伝子型は割愛するものです。
加えて、出元、メーカーによって異なる記述、異なる見解もあるようです。
もちろん、世に知れ渡っている遺伝子型があとから違っているとこがわかった(と言っても大々的にアナウンスされるわけでもない)というのもあるでしょうし。

前者のリンク先を見ますと、
DH5aiphaに関して、「PromegaはphoAも記述に加えている」と特に注釈があります。
また、deoRは大きなプラスミドを取り込みやすい遺伝子型ということで注目される遺伝子型ですが、それは錯誤らしいという注釈もあります。

他にも、
C600と称して世に出回っているものにはmcrA+のものとmcrA-があるとか、
DH10Bに記載されている遺伝子型にはかなり混乱があるとか、
読んでみると、遺伝子型の記述ってそんなもんかってのがわかるような気がします。

(無題) 削除/引用
No.12686-2 - 2024/11/17 (日) 03:54:58 - おお
いや、単に記入漏れか、プラスミド作るとかの分子生物学用の道具としてインパクトがない部分は記載してないだけだと思いますが。

大腸菌の遺伝型に関して 削除/引用
No.12686-1 - 2024/11/16 (土) 20:24:08 - らりあちん
大腸菌に遺伝型に関するデータベースのようなものはあるでしょうか。

また例えばDH5αでも、様々なサイトを比較すると、deoRやphoA等マイナーチェンジがありますが、それはメーカーの販売により、異なるということでしょうか。

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