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自力で分解性細菌の単離をしたい トピック削除
No.12664-TOPIC - 2024/11/01 (金) 21:28:22 - きなこ
皆様のお力を貸してください。
現在既報で高分子を分解できる細菌に着目した研究を立ち上げまして、
この細菌の分譲先がないことから、自力での単離を目指しています。

メタゲノムシーケンスからラビットの腸内に存在することはわかっているのですが、
これを単離するために素養がなく教えていただきたい次第です。

現状先行論文では、抗生物質による単離が報告されてはおりますが、検出方法がダイレクトシーケンスしかなく、可能な限りピック数を減らして同定したいと考えている次第です。
利用可能な選択培地も特にありません。
また論文のストーリー的にも高分子を用いて細菌の単離は行いたくありません。

一般に腸内細菌の単離を行うにあたって
抗生物質を入れた液体培地で濃縮した後、プレートに塗るのか、
又は抗生物質入りの寒天プレートに直接塗るのか、
どちらが一般的に取られる手法になりますでしょうか?

ご教示のほどよろしくお願いします。
 
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(無題) 削除/引用
No.12664-3 - 2024/11/12 (火) 07:39:44 - PCR
濃縮後プレーティングか直接プレーティングかは両方やってみるべきだと思いますが、その後はPCRを用いてsib selectionできませんか。

(無題) 削除/引用
No.12664-2 - 2024/11/09 (土) 13:50:13 - Liar
一般的な細菌であれば、発育を阻害する物質を混ぜた寒天培地や発色基質を混ぜた寒天培地で分離します。

芽胞形成細菌であれば、試料を加熱するなどしてその他の細菌を殺滅してから寒天培地にその試料を播種します。

目的とする細菌の寒天培地上でのコロニー形態はわかっているでしょうか?グラム染色像はどうでしょうか?生化学的性状は?糖分解性状は?
これらを組み合わせて対象を絞り込み、塩基配列解析で確認する方法はあると思います。

参考までに。

自力で分解性細菌の単離をしたい 削除/引用
No.12664-1 - 2024/11/01 (金) 21:28:22 - きなこ
皆様のお力を貸してください。
現在既報で高分子を分解できる細菌に着目した研究を立ち上げまして、
この細菌の分譲先がないことから、自力での単離を目指しています。

メタゲノムシーケンスからラビットの腸内に存在することはわかっているのですが、
これを単離するために素養がなく教えていただきたい次第です。

現状先行論文では、抗生物質による単離が報告されてはおりますが、検出方法がダイレクトシーケンスしかなく、可能な限りピック数を減らして同定したいと考えている次第です。
利用可能な選択培地も特にありません。
また論文のストーリー的にも高分子を用いて細菌の単離は行いたくありません。

一般に腸内細菌の単離を行うにあたって
抗生物質を入れた液体培地で濃縮した後、プレートに塗るのか、
又は抗生物質入りの寒天プレートに直接塗るのか、
どちらが一般的に取られる手法になりますでしょうか?

ご教示のほどよろしくお願いします。

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