BioTechnicalフォーラム [RNA-seqにおける正式名称のない遺伝子の扱い]

RNA-seqにおける正式名称のない遺伝子の扱い

No.12626-TOPIC - 2024/10/16 (水) 12:14:11 - ken

RNA-seqにおける正式名称のない遺伝子の扱いをどうするべきか悩んでいます。
具体的には、AC131160.1
のような遺伝子がRNA-seqのDE analysisにおいて混入していることが多い乃ですが、差のある遺伝子のtableから除外しますか？
また、GO解析をするときに含めるのか否かも迷うのですが、みなさんどうされているのでしょうか？

そもそもこういった遺伝子が高頻度で混入してくるのは、アーティファクトだと思っているのですが（fold changeも異常値が多い）、みなさんどう解釈されていますか？
　

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No.12626-4 - 2024/10/17 (木) 01:31:51 - おお

アーティファクトというか発現はしているのでしょう。むかしよくC（番号）orf（番号）みたいなのがよく見られて、クロモソームの何番の何番目の未知の遺伝子みたいな意味合いで使われたりしてましたが、実はそういう名前でも結構キャラクタライズされているものとか含まれたりしてました。また、TMEMとかSLCとか配列のホモロジーでグループ分けされただけで機能がわかってないものがたくさんあったり（今はそうでもないのかもしれないが）します。

それはともかく差が確認された遺伝子について示すとき（２倍以上のDEGリストとか）は含めます。なぜならその遺伝子に関してもしかしたら機能を解明するべく手がかりかもしれませんから。

エンリッチメントの解析にはちょっと悩ましいですね。私は判断できないので含めています。ところで文献でたとえば細胞を何がしかに（神経とか筋肉とか皮膚とか）分化したときAC（番号）の発現が２フォールド以上で変化したというDEG解析があった場合、その分化関連の遺伝子として含まれたりするのでしょうか？

AC131160はどうやらmiRNAをコードしているようですね。機能的な話はないようですが、ターゲット遺伝子の予測はできそうではあるけど、、、

https://www.bcgsc.ca/people/malachig/htdocs/alexa_platform/alexa_seq/Neuroblastoma/genes/chr3_24/ENSG00000216166.htm

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No.12626-3 - 2024/10/16 (水) 13:24:53 - asan

referenceのデーターベース次第だと思うので、それがタンパク質として存在することが明確な遺伝子なのか、ただのノンコーディングとかなのかによって機械的に除くのでいいと思います。

GSEAのhallmark gene setとかだとノンコーディングなどは特に考慮してないとおもうので、データに余計なものが含まれてることで結果が変わる可能性もあります。大体明確となっている遺伝子数でヒトやマウスだと2万ぐらいで、1つの細胞で十分に深くシーケンスしたとして明確な発現が見られる遺伝子ってせいぜい1万数千ぐらいだと思います。特にノンコーディングとかに注目したのではないのにDEG解析で全てのデータを使うと4万個ぐらいのリストになりますが、それだとよくわからないものが半分ぐらい含まれることにもなりますのでエンリッチ麺と解析などの結果が歪む可能性はあると思います。

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No.12626-2 - 2024/10/16 (水) 12:29:53 - あの

当方は考え方が違って、正式名称がない遺伝子の方が面白い可能性を感じます。
ですから掲載します。

下流の解析ではリストに入れても、入れなくても、結果は同じだと思います。

RNA-seqにおける正式名称のない遺伝子の扱い

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No.12626-1 - 2024/10/16 (水) 12:14:11 - ken

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