Bio Technical フォーラム

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MEGA-Xによる系統樹作成について トピック削除
No.12556-TOPIC - 2024/09/02 (月) 21:46:55 - ロール
いつも拝見して勉強しております。

MEGA-Xを用いた系統樹作成について質問させてください。
とある遺伝子を用いて、マウス20個体のサンガーシーケンス配列で系統樹を作成したいのですが、下記の@、A点について知識が乏しく、どなかた教えていただけるでしょうか。

@DNA配列で系統樹を作る際、ヘテロのSNPの扱い方はどうするのが一般的でしょうか。混合塩基にしてアライメントとるのが一般的でしょうか。

ADNA配列のまま系統樹を作成するより、アミノ酸配列(ATGコドンから)で系統樹作成する方が一般的でしょうか。

初歩的な質問ですみません。
何卒よろしくお願い申し上げます。
 
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MEGA-Xによる系統樹作成について 削除/引用
No.12556-1 - 2024/09/02 (月) 21:46:55 - ロール
いつも拝見して勉強しております。

MEGA-Xを用いた系統樹作成について質問させてください。
とある遺伝子を用いて、マウス20個体のサンガーシーケンス配列で系統樹を作成したいのですが、下記の@、A点について知識が乏しく、どなかた教えていただけるでしょうか。

@DNA配列で系統樹を作る際、ヘテロのSNPの扱い方はどうするのが一般的でしょうか。混合塩基にしてアライメントとるのが一般的でしょうか。

ADNA配列のまま系統樹を作成するより、アミノ酸配列(ATGコドンから)で系統樹作成する方が一般的でしょうか。

初歩的な質問ですみません。
何卒よろしくお願い申し上げます。

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