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(無題) 削除/引用 No.12555-14 - 2024/09/04 (水) 23:06:02 - TS あのさん、情報ありがとうございます。 GeneCardsが外部リンク使ってたんですね。 そりゃそうですね、なんで気づかなかったんだろ。。。 Aminodeが聞きなれないワードだったからです、きっと。

(無題) 削除/引用 No.12555-13 - 2024/09/04 (水) 21:03:16 - あの TSさんの書かれたAminode という単語がヒントになって、 　Aminode search で、Google検索すると、次がありました http://www.aminode.org/search たぶんトピ主さんが求められているものに近いと思います。

(無題) 削除/引用 No.12555-12 - 2024/09/04 (水) 20:10:38 - TS まぁトピ主さんのためにもそのくらいにしておいて。 私も気になったので、そういうのができるかなぁと思って探してみました。 Genecardsっていうサイトで、目的遺伝子を探して、ずっと下の方にあるオルソログの一覧のところにいくと、次のようなリンクがあります。 Aminode: Evolutionary constrained regions (ECRs) for ACTB: view image これはb-actinですが、Evolutionary constrained regions (ECRs)をクリックすると、アミノ酸配列のアライメントが出ました。 Excelにも落とせるようです。 たぶんこういうのがやりたいのかなぁと思ったのですが、どうでしょう。 結構良いの見つけたかなって思ったり。 他にもっといい方法があるかもですが。

(無題) 削除/引用 No.12555-11 - 2024/09/04 (水) 17:16:32 - s そんなに、上から目線の蔑むような（これもかなりきつい言葉ですね）書き込みでしたか？ 受け止め方は人それぞれなんでしょうけど、 掲示板なんだから嫌な言い方だと思ったら、スルーすればいいだけ。 よっぽど、脱線気味の指摘で盛り上がるほうが 質問した人が出てきづらくなってしまうと思うけど。 あ、私のこの書き込みもそうでした〜。

(無題) 削除/引用 No.12555-10 - 2024/09/04 (水) 05:33:06 - alignment >事情を書いてくれることを期待しての返事です 本当にこれが目的ならば、聞き方ってモンがあるでしょう。 >作業量ってどんだけって感じがします などという「感じの悪い」書き方をするのは悪手じゃないですかね？ こういう聞き方をされると、掲示板での返事なんてもうどうでもいいや、となって二度とトピに現れなくなるトピ主もいるのは想像に難くないです。トピを上げるだけ上げてその後出てこないトピ主の何割かはそういう場合じゃないかなあ？ ぶっちゃけ、私も経験あります。過去にこの掲示板にトピを上げたら、何故か最初のレスが的外れな指摘を大上段からかましてきたもので（念の為。それはおおさんではありませんでした）、めんどくせえ、もういいや、と思ったことがあります。それ以降のレスが至極真っ当で親切なレスだったので、そちらの方々へきちんと返事させて頂く為にトピは続けましたが。 >推察はできますが、そうではないと言われたら無駄だと思いませんか？ 推察を書いて「こういうことですか？」と書く位がそんなに手間ですかね？20秒かかんないと思いますが……。むしろ、感じの悪い書き方に続けてNo.12555-4みたいな文章を書く方が無駄かどうかという点ではよっぽど無駄な気がしますが……。「どういう実験してるんですか？」って書く方がよっぽど良くない？

(無題) 削除/引用 No.12555-9 - 2024/09/04 (水) 04:31:32 - おお >[Re:8] alignmentさんは書きました : > >それが出来る作業量を多いというのが分からない > > そりゃ一個の遺伝子に対してやるなら簡単でしょう。けど、トピ主がやりたいことが「一つの遺伝子に対するアライメント」とは限らないんでは？何かの方法でスクリーニングして来た100個の遺伝子全てに対してアライメントを行いたいという場合なんかもあるでしょう。 ですからわからないと書いたのです。理由を提示していただかないと解決方法を考えるに至りません。事情を書いてくれることを期待しての返事です。複数の遺伝子の可能性も考えてましたが、そうなのかわからないで答えるのは意味がないかもしれないので。 > > （実は今私がやりたいことがそれなんで、このトピ要チェックだと思ってました） > > いて、その上で作業量が多いと言ってるのだから、何かしら書かれていない事情があるかも、と思うのはそんなに変な推察では無いでしょう。 推察はできますが、そうではないと言われたら無駄だと思いませんか？

(無題) 削除/引用 No.12555-8 - 2024/09/04 (水) 01:21:08 - alignment >それが出来る作業量を多いというのが分からない そりゃ一個の遺伝子に対してやるなら簡単でしょう。けど、トピ主がやりたいことが「一つの遺伝子に対するアライメント」とは限らないんでは？何かの方法でスクリーニングして来た100個の遺伝子全てに対してアライメントを行いたいという場合なんかもあるでしょう。 （実は今私がやりたいことがそれなんで、このトピ要チェックだと思ってました） >アライメントを作成できることは知って いて、その上で作業量が多いと言ってるのだから、何かしら書かれていない事情があるかも、と思うのはそんなに変な推察では無いでしょう。

(無題) 削除/引用 No.12555-7 - 2024/09/03 (火) 14:57:24 - おお それにこうしたら出来る(知らないのかとは思っていない)と言うよりは、アライメントを作成できることは知ってそうなので、それが出来る作業量を多いというのが分からないと申し上げています。

(無題) 削除/引用 No.12555-6 - 2024/09/03 (火) 14:51:43 - おお >[Re:5] あさんは書きました : > かといって、おおさんがご自身でトピを立てられることもありますが、そのような（「◯◯すればいいだけの話なのに・・・」だとか、「そんな簡単なこともわからないのか」など）返答されていい気持ちになりますか？ > 素直に自分の知識が不足してたんだなと思い、指摘には感謝しますけど。加えて参考資料や勉強になる資料をたずねます。また不得手なことであれば、それはうまく出来ない事と正直に言いますが。

(無題) 削除/引用 No.12555-5 - 2024/09/03 (火) 10:45:56 - あ おおさん、お願いですから上から目線で蔑しむようなニュアンスの返答をされるのを控えていただけませんでしょうか。 見ているこちらはいい気持ちになりません。 かといって、おおさんがご自身でトピを立てられることもありますが、そのような（「◯◯すればいいだけの話なのに・・・」だとか、「そんな簡単なこともわからないのか」など）返答されていい気持ちになりますか？ ここはおおさんのような何もかも知っているエキスパートだけではないはず。 最も素人質問をするような人は研究の世界に入ったばかりの人がほとんどではないでしょうか。 その人相手に、どうして上から目線で蔑しむような返答をされるのでしょうか？ その人らがどういう気持ちになるか想像したことはないのでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.12555-4 - 2024/09/03 (火) 04:55:53 - おお そもそも種間で保存されている事をベースに何か実験とかやるのに、アライメントでそれを示すことになると思うのだけど、そうしないで進めれるような話なのでしょうか。私が固定観念に囚われているだけなのか。

(無題) 削除/引用 No.12555-3 - 2024/09/02 (月) 16:52:15 - おお https://useast.ensembl.org/Homo_sapiens/Gene/Compara_Ortholog?db=core;g=ENSG00000139618;r=13:32315086-32400268 Ensemble でオーソログをまとめていてダウンロードでアライメントのファイルを作る事ができますが。。。 でも、10種類程度だったら、アクセッション#を見つけて、CLUSTALなどのWebツールにその番号を入力すればいいと思うのだけど、作業量ってどんだけって感じがします。

(無題) 削除/引用 No.12555-2 - 2024/09/02 (月) 10:06:43 - vegfr protein blastとか上手に使えばできるのでは？

種を超えて特定のアミノ酸が保存されているかを確認したい 削除/引用 No.12555-1 - 2024/09/02 (月) 09:45:33 - SS お世話になります。 種を超えて特定のアミノ酸が保存されているかを確認したいです。 遺伝子とそのアミノ酸配列はわかっています。 このうち、特定のアミノ酸がさまざまな種で保存されているかを知りたいです。 ヒト、マウス、ラット、犬、ゼブラフィッシュ、などです。 それぞれのアミノ酸配列を入手し、multiple alignmentツール（clustal wなど）で図を作ることは可能ですが、作業量が多く、できれば、ボタン一つ程度でパッと、ヒトの特定のアミノ酸がさまざまな種で保存されているかを表示できるツールがあれば、とても助かります。 そのようなサイト、ありますでしょうか？

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