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PDGFRβのネガコン トピック削除
No.12546-TOPIC - 2024/08/30 (金) 01:26:26 - taichi
マウス由来の細胞を評価する際に、PDGFRβのネガコンとして使えるセルラインの細胞って何かありますでしょうか。もしくはPDGFRβを発現しないマウスの組織って何があるでしょうか。
 
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No.12546-9 - 2024/09/06 (金) 06:31:46 - おお
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/18596/?report=expression
http://biogps.org/#goto=genereport&id=5159

(無題) 削除/引用
No.12546-8 - 2024/09/05 (木) 22:00:11 - おお
もうちょっと書くと意味が無いぐらいの低レベルに発現でも検出される可能性もあるので、ネガコンよりも実際に機能的にも発現してるだろう細胞をポジコンに取る方がいいのではと思う。RNAseq のカウントを細胞間で比べて見るともうちょっとどんな感じかわかると思う。

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No.12546-7 - 2024/09/05 (木) 16:51:21 - おお
RTPCRでバンドが出る=発現している
ではないと思うが。

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No.12546-6 - 2024/09/05 (木) 14:51:19 - taichi
ありがとうございます。
マウスのアストロサイトを不死化してRT-PCRしたらGFAPのほかにPDGFRβとCol1α1のバンドも出てしまったので周皮細胞や線維芽細胞が混ざっているのかと思い、希釈法やろ紙法でシングルセルを20株くらい拾ったのですがどの株にもGFAPのほかにPDGFRβとCol1α1のバンドが出てしまうのでネガコンのつもりでC2C12やNeuro2Aを用いたらこれらでもPDGFRβとCol1α1が出た(GFAPは出ず)のでどんな細胞でも出るマーカーなのだろうかと思っていたのです。
ご教授いただいたサイトや文献を参考に検討してまいります。

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No.12546-5 - 2024/09/01 (日) 21:46:35 - おお
ヒトESとかiPSとかで発現してなかったという報告もあるようで、マウスもそうなんかな。

(無題) 削除/引用
No.12546-4 - 2024/09/01 (日) 21:44:25 - おお
https://aacrjournals.org/cancerres/article/81/3/606/647926/Stromal-Platelet-Derived-Growth-Factor-Receptor

DB7 and Met1ていう細胞で発現が検出されてないですね。彼らの検出感度や発現しているものとの比較においてだけど。

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No.12546-3 - 2024/08/31 (土) 19:45:11 - T
RNAiでノックダウンするとか、ゲノム編集でノックアウト細胞作るとかはダメですか。

(無題) 削除/引用
No.12546-2 - 2024/08/30 (金) 10:57:28 - おお
https://www.ebi.ac.uk/gxa/home
https://www.bgee.org/gene/ENSMUSG00000024620?pageNumber=1

こんなのあるけどね

PDGFRβのネガコン 削除/引用
No.12546-1 - 2024/08/30 (金) 01:26:26 - taichi
マウス由来の細胞を評価する際に、PDGFRβのネガコンとして使えるセルラインの細胞って何かありますでしょうか。もしくはPDGFRβを発現しないマウスの組織って何があるでしょうか。

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