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(無題) 削除/引用 No.12538-17 - 2024/08/28 (水) 20:14:53 - G25 レポーターの発現量に変化がないことを見て「転写が上がっていない」と表現しているのは確かだと思いますが。レポーターで見えるのは産物量だけですから。「この表現を使いたいと」言って「転写活性は変化がない」と表現しているのだから、中身はそういうことだと読みましたが。 まあ、言われてみれば、「産物量に変化がない」は事実、「転写活性に変化がない」というのは解釈と言えるので、すでにこの点で適切でないわけですけど

(無題) 削除/引用 No.12538-16 - 2024/08/28 (水) 19:24:50 - ？ 質問者さんは「転写量が変化しなかった」とは一度も書いていませんが。

(無題) 削除/引用 No.12538-15 - 2024/08/28 (水) 17:45:28 - G25 質問は論文を書くうえで「転写量が変化しなかった」と「エンハンサー活性が変化しなかった」は取り替え可能かということでしょ。同義として使用してよいかというのはそういうことでしょ。 実際のメカニズムがどうかは関係なく、取り替えることは出来ないということを最初から私は言っているのだけれどね。 繰り返えしになるけれど、「転写量が変化しなかった」というのは観測された事実、「エンハンサー活性が変化しなかった」というのはそこから導かれる解釈（のひとつ）なんだから、取り替えは不可（質問者さんがどういう実験、観察をしてどの程度裏を取っているかはわからないけど）。 転写量だけでなく他の側面からも裏をとってエンハンサー活性が変化していないという裏もとっているとか、教科書に乗せるような理想的な（転写量がエンハンサー活性で１００％説明できるような）モデルの話をしているというシチュエーションなら、両者を区別する必要はないかもしれない。 しかし、resultとして実験・観察の記述をするうえでは、両者の区別に敏感であるべきだと思う。

(無題) 削除/引用 No.12538-14 - 2024/08/27 (火) 07:54:05 - ？ 「エンハンサー活性に変化がない」というのが、そのトラップラインでモニターされている（と仮定されている）エンハンサー活性のことなのか、トラップされているエンハンサー本来の（つまりインタクトなゲノムにおける）活性のことなのか。 「転写活性には変化がない」というのが、そのトラップラインにおけるレポーター遺伝子に対する転写活性のことなのか、本来の遺伝子に対する転写活性のことなのか。 そもそも「エンハンサー活性」という言葉で何を指しているのか。トラップラインで測定されたレポーター活性なのか、それによって間接的にモニターされている（と仮定されている）転写活性なのか、はたまた上記のように、トラップラインではなく本来の遺伝子に対する転写の話なのか。

(無題) 削除/引用 No.12538-13 - 2024/08/27 (火) 02:16:40 - おお エンハンサーが複数あってその系で見れるエンハンサーに活性がなくても、他のエンハンサーが関与している可能性は除外できるのでしょうか。その他よくわかってない現象があるかもしれません。生物種によっては上流１kbpぐらいにあってそこを見ておけばOKみたいな流儀はあるみたいだけど果たしてそれは１００％なのだろうか。ゲノム上のコンストラクトはプロモーター上流に置く事になっていると思うが、プロモーターを入れ替えたのかそれともトラップしたライブラリーからそのあたりにあるものを使ったのか。 エンハンサーをみる実験は明らかにアーティフィシャルでそれをもってその遺伝子の転写活性を見ているわけではありません（コンストラクトにもよるでしょうけど）。もちろんそうであってもかなり確実な系もあるでしょうけど、そういう注意深さを普段から持ってないと科学的な判断ができずに間違った結論を導くこともあると思います。 ですから、まず結果を正確に書いてください（書かないでそれを飛ばしている論文は意外と多く出直してこいと言いたくなることはあるのだけど）それからです。そのうえでそれが何を示唆しているのか（可能性がかなり高ければIndicate、そこまで強く言えるかどうかわからないならSuggest）を書くように心がけてください。

(無題) 削除/引用 No.12538-12 - 2024/08/26 (月) 23:02:07 - 分生 すみません、出題者です。 私が聞きたいのはまさに？さんが言われている通りのことです。 （ご親切かつ厳密なサイエンスかつ私の聞き方がわるいからだと思いますが、）シンプルに？さんのニュアンスでとっていただきたいです。また、もし私が書いている表現で足りないのならどういう言い方をすれば良いのかという例が知りたいです。

(無題) 削除/引用 No.12538-11 - 2024/08/26 (月) 10:02:55 - ？ 元のご質問に曖昧なところがあるせいで、回答者が想定している質問内容がバラついているということなのだとは思いますが。

(無題) 削除/引用 No.12538-10 - 2024/08/26 (月) 09:57:32 - ？ > そりゃ、シチュエーションによるでしょう。 > 十分な裏付けが取れていればそれで良いでしょうけど、質問で示された根拠だけで同一しするのは飛躍でしょう。 すみませんがおっしゃっていることがわかりません。例えばどういうシチュエーションをお考えですか？ 私が主張しているのは、「エンハンサー活性に変化がない」という表現と「転写活性には変化がない」という表現は同じことの言い換えでしょうということなのですが。

(無題) 削除/引用 No.12538-9 - 2024/08/25 (日) 22:52:44 - G25 > 最初の質問は「エンハンサー活性に変化がない」と「転写活性には変化がない」がほぼ同義かというもので、私は同義だと思います。 そりゃ、シチュエーションによるでしょう。 十分な裏付けが取れていればそれで良いでしょうけど、質問で示された根拠だけで同一しするのは飛躍でしょう。

(無題) 削除/引用 No.12538-7 - 2024/08/25 (日) 22:11:35 - ? エンハンサーなるものはオペレーショナルに定義されるものではないのでしょうか。そうであれば転写活性に影響するシスエレメントは（プロモーターはともかくとして）エンハンサーと呼ばれる資格があるように思います。もちろんサイレンサーと呼ぶべきケースもありますが。

(無題) 削除/引用 No.12538-6 - 2024/08/25 (日) 21:40:00 - 774R 転写活性はエンハンサーに影響を受けるのはその通りですが、エンハンサー「のみ」で決定されるわけではありません。 たとえば、エンハンサー活性が上がっているが、それ以外の様々な因子が原因で転写活性が下がったために見かけ上、転写活性が同じということもありえます。 つまり、実験デザインとしてエンハンサー以外には影響を与えてないことが確かならば「エンハンサー活性に変化がない」と「転写活性には変化がない」が成り立ちます。

(無題) 削除/引用 No.12538-5 - 2024/08/25 (日) 20:37:32 - ? エンハンサートラップの実験だけから、本来の「エンハンサー活性に変化がない」とか、本来の「転写活性には変化がない」とか軽々しく言うことはできないというのはそのとおりだと思いますが、最初の質問に対する回答ではないように思われます。 最初の質問は「エンハンサー活性に変化がない」と「転写活性には変化がない」がほぼ同義かというもので、私は同義だと思います。

(無題) 削除/引用 No.12538-4 - 2024/08/25 (日) 18:27:56 - G25 エンハンサートラップであれば観測したのは「転写産物量」ではなくて「レポータータンパク質量あるいはその活性」ですね。

(無題) 削除/引用 No.12538-3 - 2024/08/25 (日) 18:13:53 - G25 観測された「事実」とそこから導かれる「帰結」「解釈」「推測」ははっきり区別して記述するのが論文の鉄則。 観測された事実は「転写産物量に変化がない」、あるいは観測方法によっては(トレイサーなどを使って転写速度を直接測定した場合など)「転写活性に変化がない」。 「エンハンサー活性に変化がない」というのは事実から導かれるplausibleな「帰結」「解釈」「推測」。 細かい言い回しは置いとくとしてロジックとしては、「結果として転写産物量は変化しなかった。これはエンハンサー活性に変化がなかったことを示唆する」というようにすべきでしょう。 転写活性は上がっているけど、同時に分解も促進されて恒常性が保たれているから、転写産物量が一定なのかもしれないじゃない、とかいうツッコミはロジックであって、タダのいぢわるとは言えない。

(無題) 削除/引用 No.12538-2 - 2024/08/25 (日) 17:40:44 - おお >[Re:1] 分生さんは書きました : > エンハンサートラップ系統を用いた解析でコントロールと変化がないことを根拠にして「転写は上がっていない」と結論づけている論文をよく見ます。私もこの表現を使いたいのですが、「エンハンサー活性に変化がない」と「転写活性には変化がない」はほぼ同義として使用しても良いでしょうか。若干違和感を感じます。 > もしダメな場合、どのように修正すればより正確でしょうか。 「エンハンサー活性に変化がない」と言うのが実験結果で、その結果は(そのエンハンサーにより制御される遺伝子のプロモーターの)「転写活性には変化がない」ことが示唆される。 Suggest などのワードで表現すればもんだいを感じませんが。 「転写活性には変化がない」は下流のリポーターの話ではないですよね。ならば話が違ってくるかも。

エンハンサー活性 削除/引用 No.12538-1 - 2024/08/25 (日) 16:59:10 - 分生 エンハンサートラップ系統を用いた解析でコントロールと変化がないことを根拠にして「転写は上がっていない」と結論づけている論文をよく見ます。私もこの表現を使いたいのですが、「エンハンサー活性に変化がない」と「転写活性には変化がない」はほぼ同義として使用しても良いでしょうか。若干違和感を感じます。 もしダメな場合、どのように修正すればより正確でしょうか。

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