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(無題) 削除/引用 No.12532-17 - 2024/08/22 (木) 12:17:43 - 774R ですね。 たとえば複数の（別遺伝子の）アイソフォーム間の比率とか、もしくはオルタナティブスプライシングバリアントの量比だとかでも比較する需要はあるかと思いますね。

(無題) 削除/引用 No.12532-16 - 2024/08/22 (木) 12:01:36 - LPS 相同性、関連性のことです。

(無題) 削除/引用 No.12532-15 - 2024/08/22 (木) 12:00:05 - LPS 違うの程度にもよるんじゃないでしょうか

(無題) 削除/引用 No.12532-14 - 2024/08/22 (木) 11:47:26 - 774R 違う遺伝子の発現量比較に意味を見出すかは本人次第でしょうね。

(無題) 削除/引用 No.12532-13 - 2024/08/22 (木) 11:10:34 - おお >[Re:12] 774Rさんは書きました : > 同じ溶液組成にするために精製RNA溶液に合成RNAを混ぜ込んでやりますかね。 > ただ、そこでRNAの分子数（絶対量）が分かったところで、精製段階の収率や分解の程度など様々な要因が混じるので、絶対定量する目的が不明です。 RNAウイルスの数とかの場合は必要ですが、違う遺伝子の発現量比較には意味がないでしょうね。

(無題) 削除/引用 No.12532-12 - 2024/08/22 (木) 09:21:18 - 774R >RNAを用意して既知の量をcDNAにして検量線 合成したRNAと細胞から精製したRNAでは逆転写効率も変わってくるでしょうね。 同じ溶液組成にするために精製RNA溶液に合成RNAを混ぜ込んでやりますかね。 ただ、そこでRNAの分子数（絶対量）が分かったところで、精製段階の収率や分解の程度など様々な要因が混じるので、絶対定量する目的が不明です。 いずれにしても今回の遺伝子Aと遺伝子Bの比率を求めるためには関係のない話なのでこのへんで。

(無題) 削除/引用 No.12532-11 - 2024/08/22 (木) 08:53:14 - おお >[Re:10] 774Rさんは書きました : > そもそもmRNAの絶対定量って何を指して言ってるのか分からない。 ほんとに必要ならRNAを用意して既知の量をcDNAにして検量線を引きコピー数を見積もります。

(無題) 削除/引用 No.12532-10 - 2024/08/22 (木) 08:29:20 - 774R そもそもmRNAの絶対定量って何を指して言ってるのか分からない。 RNAは直接PCRできないのでcDNAに逆転写してから行う。得られた値は逆転写効率を掛けた値なので絶対量ではない。故に逆転写効率が同程度という前提の元、内部標準との相対値で表す。 同じ細胞から調整されたRNAの場合、内部標準は同じなので、遺伝子Aと遺伝子Bの発現量を相対的に比較することは可能。 様々な制御があるのでRNA量＝タンパク量ではないため、小さな差では生理的意義は少ないかもしれないが、桁が違うなどの規模なら何か言うことは出来るだろう。

(無題) 削除/引用 No.12532-9 - 2024/08/22 (木) 00:23:57 - おお >[Re:8] あのさんは書きました : > たとえ絶対定量であっても、異なる遺伝子のmRNAの発現量の比較に生理的な意味あるかどうかは疑問を感じるけど、 そう、それが言いたかったのです。とは言え実験のk概要も分かってないので否定的になるのもどうかと思って。

(無題) 削除/引用 No.12532-8 - 2024/08/21 (水) 18:21:57 - あの たとえ絶対定量であっても、異なる遺伝子のmRNAの発現量の比較に生理的な意味あるかどうかは疑問を感じるけど、 まして相対定量なら意義がわからないです。

(無題) 削除/引用 No.12532-7 - 2024/08/21 (水) 16:39:27 - おお >[Re:5] 解析太郎さんは書きました : > おお様 > > ご返信頂きありがとうございます。 > > まだ実験の走りの段階でして、ある条件において遺伝子の発現量が高い方を今後調べていきたいと思っております。 > > 絶対定量ではありませんが、それぞれの遺伝子の増幅効率を踏まえた相対定量値で比較することができない理由はなんでしょうか？ 同じと思われるCt値でも片方は10コピーでもう一方は25コピーかもしれないから。

(無題) 削除/引用 No.12532-6 - 2024/08/21 (水) 15:09:49 - 774R A/内在性コントロール：B/内在性コントロール＝A:B で比較できると思います。

(無題) 削除/引用 No.12532-5 - 2024/08/21 (水) 14:59:32 - 解析太郎 おお様 ご返信頂きありがとうございます。 まだ実験の走りの段階でして、ある条件において遺伝子の発現量が高い方を今後調べていきたいと思っております。 絶対定量ではありませんが、それぞれの遺伝子の増幅効率を踏まえた相対定量値で比較することができない理由はなんでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.12532-4 - 2024/08/21 (水) 14:53:00 - おお 小出しになってしまいましたが、違う遺伝子間での発現量の違い(発現しているRNAのコピー数の違い)が意味を持つ実験をされているのでしょうか。

(無題) 削除/引用 No.12532-3 - 2024/08/21 (水) 14:48:34 - おお 絶対定量(言い換えるとコピー数の見積)ではないのですよね。ならどちらの発現量が高いとは言えませんよね。

(無題) 削除/引用 No.12532-2 - 2024/08/21 (水) 14:00:08 - 解析太郎 不十分でしたので補足します、申し訳ありません。 知りたいのは、A遺伝子とB遺伝子のどっちが発現量が多いのか、どのざっくりとくらい多いのかを定量的でなくてもいいので論文で図を提示するために行いたいと考えております。

real-timePCRで同一条件での異なる遺伝子発現の比較は可能か 削除/引用 No.12532-1 - 2024/08/21 (水) 13:56:42 - 解析太郎 お世話になっております、real-timePCRについてご教授頂きたいです。 使用する手法は検量線を使った相対定量法です 内在性コントロール、目的遺伝子A、目的遺伝子Bについて、それぞれ検量線を作成して計算し(増幅効率の補正)、それぞれのサンプルで得られる各遺伝子のCT値を各遺伝子の検量線に当てはめて計算します。もちろん検量線を引くために使用するcDNAサンプルは同じ物を使用します。 この場合、それぞれの遺伝子の増幅効率の違いは検量線に当てはめることで解決しているため、同じ条件での遺伝子Aと遺伝子Bの発現量の比較は可能という認識であっていますでしょうか？ どうぞよろしくお願い申しあげます。

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