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Protease protection assay トピック削除
No.12531-TOPIC - 2024/08/20 (火) 19:26:24 - apes
いつも大変お世話になっております。

グラム陰性菌に発現するタンパク質の局在をproteinase Kを
用いたprotease protection assayで検証したく、論文を探って
おります。

他のアッセイとの組み合わせを考えるとPBSが最も適して
いるのですが、多くの論文では反応液にTris-CLバッファーを
使用しております。

なにかしら特別な理由があるのでしょうか。

ご教授ください。
 
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Protease protection assay 削除/引用
No.12531-5 - 2024/08/21 (水) 14:07:03 - apes
U1 様

ご返信ありがとうございました。

PBS中での使用経験があるとのこと、貴重な情報をありがとうございました。

Ca2+イオンによる安定性関しては、proteinase KをUPWに溶解して、
小分け凍結保存、用時に使い切りでクリアできないか、と思っています。

(無題) 削除/引用
No.12531-4 - 2024/08/21 (水) 09:39:18 - U1
proteinase KはCa2+イオンで安定化されます(活性に必須ではないが)。
リン酸バッファーだとCa2+との相性が悪いのでTris系を使用している人が多いのではないでしょうか。

(少なくとも自分の経験では)Ca2+を含まないPBS中でも問題なくワークする印象です。

Protease protection assay 削除/引用
No.12531-3 - 2024/08/21 (水) 09:35:20 - apes
おお 様

ご返信ありがとうございます。

また論文のご紹介ありがとうございました。

目的タンパク質を扱っている論文の多くで、最終的な溶媒としてPBSに保存していること、また、目的タンパク質の発現が低いことが予想されること、などから同一検体を複数のアッセイに使用するにはあまりバッファーを変更したくないな、というのが根底にあります。

もう少し探ってみます。

(無題) 削除/引用
No.12531-2 - 2024/08/21 (水) 03:49:31 - おお
>他のアッセイとの組み合わせ
あなたが組み合わせたいアッセイがなにかよくわからないのだけど、、、Trisじゃだめなアッセイ何でしょうかね。。。

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4838181/
こちらのURLのような実験であれば、論文ではTrisはpH 8.8にしてます。リン酸バッファーではこのあたりではあまり緩衝能力がないでしょう。

Protease protection assay 削除/引用
No.12531-1 - 2024/08/20 (火) 19:26:24 - apes
いつも大変お世話になっております。

グラム陰性菌に発現するタンパク質の局在をproteinase Kを
用いたprotease protection assayで検証したく、論文を探って
おります。

他のアッセイとの組み合わせを考えるとPBSが最も適して
いるのですが、多くの論文では反応液にTris-CLバッファーを
使用しております。

なにかしら特別な理由があるのでしょうか。

ご教授ください。

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