Bio Technical フォーラム

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WBのデータの処理 トピック削除
No.12499-TOPIC - 2024/08/07 (水) 21:22:49 - M1
ご無沙汰しております。
今回WBの実験で、コントロールと処置群を隣に並べSDSPAGE法で処理し、機械でバンドを検出しました。得たデータに対し、自身のパソコンでコントラストを調節し(もちろん両バンド同時に)、論文に乗せることはルール的にはありでしょうか?
ご意見お願いします。
 
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No.12499-5 - 2024/08/08 (木) 09:58:43 - hj
取得したデータ画像の調整については一応、以下のことはどこのジャーナルでも原則と思われます。投稿規定に、していいこととしてはいけないことが詳しく書かれていると思うので画像調整する際は精読してください。

1. 画像のコントラストなブライトネスの調整は特定の部分のみでなく必ず画像全体について行うこと。 
2.オリジナル画像で見えているタンパク質のバンドは、調整後も全て残っていること。
3.オリジナル画像にないものを新たに加えないこと。

説明するまでもなく、これを守らないと、オリジナルデータの持つ本来の科学的な情報が画像調整により失われてしまうので。

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No.12499-4 - 2024/08/08 (木) 00:50:38 - おお
まあ機械と書いてますが、普通そういうやつは自動でコントラストを調整したりしてます。
直線性が保てる事が前提でコントラストとブライトネスは調整してもいいことにはなっています。
コントラストはなるべくならヒストグラムを見ながら調整してほしいです。ヒストグラム上シグナルがない強いIntensityの領域をカットする感じにするといいと思っています。バンド以外の(ドット状のノイズの部分とか)がそこにあるなら無視していいですが、示したいバンドなどがあるなら、要するにある一定以上のシグナルが飽和状態になっているためその部分で直線性がありません。また弱いIntensityの部分を削るのはやらないほうがいいと思ってます。

コントラストの幅を狭めると階調(明暗の解像度)が低下します極端にやると汚い図になるというか。今は1024階調位あるんですかね。まあ感覚的には狭めるのは半分ぐらいまでにしたほうが良さそうです。

(無題) 削除/引用
No.12499-3 - 2024/08/08 (木) 00:31:28 - M1
G25さん

ありがとうございます。
大変勉強になりました。

(無題) 削除/引用
No.12499-2 - 2024/08/07 (水) 23:21:37 - G25
英文、和文、ジャーナルやその他の出元から数多のガイドラインが出てるでしょう。
https://www.amed.go.jp/content/000033949.pdf
https://edex.adobe.com/jp/teaching-resources/-1660904535420

そういうの読んだらちゃんと説明されているし、言っていることはどこも同じ。
撮像したままの生画像が最良ということはなく、適切に画像調整するのは当たり前。
むしろしないと見るべき情報が読みとれなくなりかねない。
フィルムカメラの時代だってそうで、コントラストや明るさなんかは印画紙の選び方や焼き方で調整できて、条件を変えて焼いて最適なプリントを選ぶのは普通のこと。
階調範囲、明度、コントラストを調整するのは良い。正しい線形性を保つ(トーンカーブを恣意的にいじってはいけない、フィルム写真で言えば覆い焼きのような)。写っているものを飛ばしたり(明度を上げて白飛ばしする)、黒く潰して階調を飽和させたりしてはいけない。
あとは、加えた操作を説明できるように記録し、元の生画像は必ず手付かずで残しておく。

基本、そんなところ。

WBのデータの処理 削除/引用
No.12499-1 - 2024/08/07 (水) 21:22:49 - M1
ご無沙汰しております。
今回WBの実験で、コントロールと処置群を隣に並べSDSPAGE法で処理し、機械でバンドを検出しました。得たデータに対し、自身のパソコンでコントラストを調節し(もちろん両バンド同時に)、論文に乗せることはルール的にはありでしょうか?
ご意見お願いします。

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