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SDS-PAGEゲル作成 トピック削除
No.12494-TOPIC - 2024/08/06 (火) 19:30:57 - 煮込み
数年ぶりに自作したSDS-PAGEのゲル作成で困ったことがあり、お力添えいただく、投稿しております。

SDS-PAGEのゲルを作成する際に、濃縮ゲルのウェルがきれいにできず、
ピロピロとごみのように柔らかいゲルが残ってしまって困っています。

コームは、ウェルの形がきれいな状態で抜くことができているのですが、
Bufferを満たしてウェルウォッシュをする際に、ウェルにピロピロとした状態でゲルが残っていることに気づき。。。

泳動に影響はないのですが、このピロピロのせいで非常にアプライがしづらいため、改善したいと考えております。
どなたか詳しい方、助言をいただけないでしょうか。


作成した際のレシピです。

濃縮ゲル(4%)
40% アクリルアミド/ビス溶液 (29:1) 0.3mL
4 x stack buffer  0.75mL
MQ          1.94mL
TEMED          5uL
20% APS          20uL
Total          3mL
 
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(無題) 解決済み 削除/引用
No.12494-13 - 2024/08/07 (水) 23:21:05 - 煮込み
>ピロピロがいまいちわかりませんが、
ウェルの中に生える繊維状のポリアクリルアミドのことなら(水草みたいなやつ)、固める時間を10-15分と短めにすると解消しました

まさしくこの水草みたいなものです!
Aさんの回答では固める時間で解消したとのことなので、もしやと思いTEMEDを5→2.5uL、APSを20→10uLに減らして実施した所解決しました。
(重合時間を減らす→重合開始剤を減らすと着想)
コーム差しっぱなしでo/nでも解決しなかったので、重合開始剤は量を入れればいいってものではないんだなと改めて勉強になりました。
Aさんありがとうございました!!



以前は使い古したガラス板で、特にクリップもせずにうまく作れていたので、今回の件に関して隙間云々は関係なかったようです^^

(無題) 削除/引用
No.12494-12 - 2024/08/07 (水) 20:50:58 - A
> コームを抜くのが早すぎると、ガラス壁に残存していた未重合のゲルが遅れて固まって、アプライの際にうまく入らないなど非常に邪魔になります。

これは、コームを抜いて未重合のアクリルアミドを洗い流せばいいです。

(無題) 削除/引用
No.12494-11 - 2024/08/07 (水) 17:07:24 - ん
プレキャストでも、と言ったけどBioradのコームね。
ガッチリ抜けないようにハマってる副作用で
凹凸のある部分(抜く時に指をひっかける所?)にゲルが固まるんじゃない?
ぱっとみハンドキャストでもそんな感じするし。
抜き方の動画見てもなんかウェル斜めになりそうな勢いで外してるんだよなぁ
ATTOだったかガラス板で自作してた時は
むしろプラ板みたいに平坦だったからこそ密着度が目視できたと思う。

そういえば分離ゲルを満たす時に
コーム刺した分、液面が上がってウェルの壁より上にくるから
内側の板の上端にキムワイプ当てて吸って調整してたな。

(無題) 削除/引用
No.12494-10 - 2024/08/07 (水) 16:32:42 - jkl
コームを抜くのが早すぎると、ガラス壁に残存していた未重合のゲルが遅れて固まって、アプライの際にうまく入らないなど非常に邪魔になります。なので見た目ゲルが固まっても、しばらくはコームは刺したままにした方がいいです。私たちはゲルは前日に作成して、コームは刺したままハイブリバックに湿らせたキムタオルの切れ端と共に密封して4度保存してます。それだけでも未重合ゲルの残存はかなりなくなります。

ゲル板をセットしたら、シリンジを使い、泳動前にwellに静かにbufferを吹き込んで(勢いよく入れるとゲルとガラス板の間に気泡が入るので注意する。ただ少数の比較的小さい気泡ならば泳動に支障は出ることはないので無理に除かず無視していい)ゲル片をできるだけ除去します。

(無題) 削除/引用
No.12494-9 - 2024/08/07 (水) 14:18:30 - G25
一流メーカーのおろしたての器具なら狂いはないでしょうが、
使っているうちに歪みや摩滅なんかは必ずあります。
コームのすり減り、ウス傷、汚れの付着、ガラス板の傷、歪みなんかで、
コームとガラス板の密着が甘くなっている可能性はないわけじゃないとおもいます。

そんな場合、コームとガラス板の隙間に薄いゲルの膜ができて、コームを抜くとガラス壁にそって「ピロピロ」してたりする。

(無題) 削除/引用
No.12494-8 - 2024/08/07 (水) 09:01:40 - おお
>[Re:6] 煮込みさんは書きました :
> コメント頂いた方がBio-Radの自作ゲル作成用のキットを使っているのかわかりませんが、隙間が開くような構造ではない気がします……

BioRadつかってそういうことがあると申し上げています。緑のコームですよね。構造上そういうふうに見えないのはわかるのですが、経験上そういうことが起こると申し上げています。

(無題) 削除/引用
No.12494-7 - 2024/08/07 (水) 06:47:20 - A
ピロピロがいまいちわかりませんが、
ウェルの中に生える繊維状のポリアクリルアミドのことなら(水草みたいなやつ)、固める時間を10-15分と短めにすると解消しました。

(無題) 削除/引用
No.12494-6 - 2024/08/07 (水) 06:03:47 - 煮込み
コメント頂いた方がBio-Radの自作ゲル作成用のキットを使っているのかわかりませんが、隙間が開くような構造ではない気がします……

>未重合のアクリルアミドを洗い流す
ので、まずはこれ、試してみます!

(無題) 削除/引用
No.12494-5 - 2024/08/07 (水) 01:00:46 - ん
アガートレイでも隙間に入ったゲルが屑になるし
製品のプレキャストゲルでもウェルにかぶさる形で
ゲル片がくっついてるのはよくある
(流石に製品だとチップで触れれば上がれる程度だけど)
ゲル組成変えて分離に影響でるよりは
コームのウェル部にビニルテープでも巻いて厚み出すとか
ウェル幅増えて見栄え悪くなるなら
プラ板を同寸法で切り出すとか?
どのへんがピロピロになってるのかイマイチだけど
ウェルがきっちりしてるなら逆にウェル部分以外のコームにマスクするとか

(無題) 削除/引用
No.12494-4 - 2024/08/06 (火) 23:23:56 - おお
質問の件まあまあそういうことが起こります。指摘があるようにコームとプレートの間に隙間ができてしまっているのだと思います。特に端のほうでそうなっていることが多いです。バインダークリップとかでコームが刺さっている部分を挟むとのはいいアイデアだと思います。それと濃縮ゲルは固まったらすぐにコームを抜いてWellの未重合のアクリルアミドを洗い流すとベターだと思います。

(無題) 削除/引用
No.12494-3 - 2024/08/06 (火) 22:47:35 - 煮込み
作成キットはBio-Radの1mm厚のものを使用しています。
専用のガラス立てで固定しています。

(無題) 削除/引用
No.12494-2 - 2024/08/06 (火) 20:33:08 - G25
コームとガラス板の間に隙間があるのかも。コームがスペーサーより微妙に薄いとか。

両脇スペーサー部分に加えて、コームの所もクリップで挟む流儀がありますが、おたくのところは?

SDS-PAGEゲル作成 削除/引用
No.12494-1 - 2024/08/06 (火) 19:30:57 - 煮込み
数年ぶりに自作したSDS-PAGEのゲル作成で困ったことがあり、お力添えいただく、投稿しております。

SDS-PAGEのゲルを作成する際に、濃縮ゲルのウェルがきれいにできず、
ピロピロとごみのように柔らかいゲルが残ってしまって困っています。

コームは、ウェルの形がきれいな状態で抜くことができているのですが、
Bufferを満たしてウェルウォッシュをする際に、ウェルにピロピロとした状態でゲルが残っていることに気づき。。。

泳動に影響はないのですが、このピロピロのせいで非常にアプライがしづらいため、改善したいと考えております。
どなたか詳しい方、助言をいただけないでしょうか。


作成した際のレシピです。

濃縮ゲル(4%)
40% アクリルアミド/ビス溶液 (29:1) 0.3mL
4 x stack buffer  0.75mL
MQ          1.94mL
TEMED          5uL
20% APS          20uL
Total          3mL

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