統計学といのは、こういう実験のときにこういう標本を取らないとならないというきまりがあるわけではなく、どういう母集団を想定していてその構成要素は何であるか、要素のばらつきは何に起因するかという実験者のモデルとか概念があって、その要素のなかから標本を無作為抽出するわけですよね。
また、私達が関心があるのは生物学的なばらつき（個体差）であって手技上・測定上のばらつきではないはずです。
>一度作ったKD細胞（レンチウイルス）を使って3回独立に実験すればいいのか、KD自体を3回行わないといけないのですか？
あなたがどういうモデルを検証しようとしているかによります。
おそらく、母集団は系統化した特定のKD細胞株の無限細胞集団で、標本のばらつきは同株内の個体差（細胞群標本の差）ではないでしょうか。だとしたら同株で実験しなければ意味がない。
KD自体を3回行うということは、同じKDベクターを使った多数（理想的には無限）のKD株群が母集団で、異株間のばらつきを統計処理することになると思いますが。そもそも異株ではコピー数や位置効果なんかが違うから内因的な個体差とは別にKDの差があるとわかりきっています。そこから平均やら分散やらの統計量を計算したところでどういう意味があるのでしょう。
最終的には野生型と比較するのが目的でしょうから、内在的な個体差のほかにばらつき（KD株間のばらつき）がある標本のとりかたはむしろしてはいけない。
独立したKD異株、数株からそれぞれ標本nをとって統計処理し、それぞれが野生型と差がありますよというのを示すのは意味があるけど。（つまりKDと無関係に特定の細胞株が表現型を示したのではいという裏付け）。 |
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