Bio Technical フォーラム

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Whole genome amplification トピック削除
No.12455-TOPIC - 2024/07/20 (土) 03:35:42 - ぺむ
Whole genome amplification（WGA）を使った経験があるかたいらっしゃいますか。まわりで使ったことあるかたがいなくて困っております。

WGA productをWESでしたいと考えております。TakaraのPicoPLEXを使う予定ですが、WGA productの定性や定量はどのようにしているのでしょうか。精製すればNanodropやQbit（またはDenovix）などで評価可能なのでしょうか。
それともやはりバイオアナライザー一択でしょうか。
また、過去の論文をみると、WGAproductをAmpure XPなどで精製してNGSに回してるようなのですが、精製したものを通常のDNAと同様にテンプレートにしているということで合ってますでしょうか。

知識や経験あるかたおりましたら教えていただけたらうれしいです。
　
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(無題) 削除/引用
No.12455-3 - 2024/07/23 (火) 23:32:20 - ぺむ
totoさん、コメントいただきありがとうございます。
はじめてでちょっと慎重になってますが、やってみます。

(無題) 削除/引用
No.12455-2 - 2024/07/21 (日) 00:25:56 - toto
PicoPLEXは使ったことがないですが、プロトコール見るとφ29polymeraseのような酵素を使って時間かけて等温増幅で行うWGAではなくて、むしろ古典的なPCRのようです。AMPureXPで精製して増えたgDNAを定量してNGSすればいいはずですよ。

Whole genome amplification 削除/引用
No.12455-1 - 2024/07/20 (土) 03:35:42 - ぺむ
Whole genome amplification（WGA）を使った経験があるかたいらっしゃいますか。まわりで使ったことあるかたがいなくて困っております。

WGA productをWESでしたいと考えております。TakaraのPicoPLEXを使う予定ですが、WGA productの定性や定量はどのようにしているのでしょうか。精製すればNanodropやQbit（またはDenovix）などで評価可能なのでしょうか。
それともやはりバイオアナライザー一択でしょうか。
また、過去の論文をみると、WGAproductをAmpure XPなどで精製してNGSに回してるようなのですが、精製したものを通常のDNAと同様にテンプレートにしているということで合ってますでしょうか。

知識や経験あるかたおりましたら教えていただけたらうれしいです。
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