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タンパクの半減期 トピック削除
No.12439-TOPIC - 2024/07/11 (木) 18:11:25 - おお
タンパクの半減期ってデーターベース化してないですかね。。。
 
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(無題) 削除/引用
No.12439-14 - 2024/07/13 (土) 04:17:28 - おお
示された情報助かります。読み進めながら考えている事例で探してみることにします。同時にここの例で実験しているペーパーも数個見つかってまして、全体的にどうするかといったところです。

PESTとかN-endとかDEGRONとか 削除/引用
No.12439-13 - 2024/07/13 (土) 00:40:08 - vgbhnjm
問いに対する的確な答えにはならないけど、アミノ酸配列のある種の特徴がそのタンパク質の安定性(半減期)に関係しているらしいということは結構昔からいろいろ議論があって、N末ルールとかPEST配列とかDEGRONとかが提唱されていたと思う。さらにそれらとユビキチン化されやすさとかとの関係もいろいろ言われてたと思う。もちろんいずれの説も限られた種類のタンパク質からの研究に基づく仮説と思うので、これらの説がどこまで一般化できるかはわからないし、これらについては否定的な論文もあるし、実際これだけで決まると考えるのもあまりに事を単純化しすぎていてどうよとは思うけど、かなり昔から今に至るまで言われてるし、どこかにデータベースとかはあるのではとそれに近いのはあった。https://degronopedia.com

(無題) 削除/引用
No.12439-12 - 2024/07/12 (金) 10:00:15 - 774R
anti-BRD4のWBの結果の一例。
https://www.cosmobio.co.jp/product/detail/bet-20130227-1.asp?entry_id=10628

(無題) 削除/引用
No.12439-11 - 2024/07/12 (金) 09:58:42 - みる
間違えました、すみません。
トピック一覧に書き直します。

(無題) 削除/引用
No.12439-10 - 2024/07/12 (金) 09:57:59 - 774R
熱中症の後遺症がそんなに長いのか、本当にその症状の原因が熱中症だったのか特定されてるのかよく知りませんが、4年というスパンなら、タンパク質そのものというより、細胞、組織、臓器、全身の調節機能など、もっと高次の現象でしょうね。

WBのバンドのずれにつきまして 削除/引用
No.12439-9 - 2024/07/12 (金) 09:56:40 - みる
このたびマウス細胞株からタンパクを抽出し、BRD4というタンパク質を確認しています。
予想される分子量はLong variantで153kDaであり、実際に行った実験ではこの位置にバンドが出ているのですが、データシートでは200kDa以上の位置にバンドが存在します。
他の論文を見てみても、150くらいに存在するものもありますが、200kDa以上に存在するものも散見されます。
ここまでずれることはあるのでしょうか?NIHのデータベース等を確認してもやはり150kDaくらいが正しそうです。
ご助言のほど、よろしくお願い申し上げます。

(無題) 削除/引用
No.12439-8 - 2024/07/12 (金) 09:24:52 - 杏里
熱中症の後遺症持続期間が4年とか言う人もいるから、入れ替わりにその位の時間が必要なのも有るのでしょうね。

(無題) 削除/引用
No.12439-7 - 2024/07/12 (金) 00:35:07 - おお
ご指摘、助かります。主に細胞内のタンパクを考えてました。

(無題) 削除/引用
No.12439-6 - 2024/07/12 (金) 00:10:40 - Hh
https://www.nature.com/articles/s41467-018-03106-1

https://www.cell.com/molecular-cell/fulltext/S1097-2765(21)00749-8

(無題) 削除/引用
No.12439-5 - 2024/07/11 (木) 22:25:51 - SYBR master
>[Re:3] Hhさんは書きました :
> これとかどうでしょう?中身見てないですが。。
> https://academic.oup.com/nar/article/49/D1/D319/5964070

何か面白そうなので、明日酔っていない素面の時に読んで、web siteいじってみます。ありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.12439-4 - 2024/07/11 (木) 22:23:17 - SYBR master
データ化が難しそうなので、無いンじゃ無いんですかねー。

GFPとかluciferaseなら「視覚化」可能なんで、半減期下げたデータを見たことありますけど。あとnativeのタンパクでも一過性に発現している酵素なら、活性計ることで計測出来そうですが、酵素以外の構造タンパクなら半減期の計測方法が想定できないです。

細胞内と細胞外なら、さらに「条件次第」で変わりそうですし。

(無題) 削除/引用
No.12439-3 - 2024/07/11 (木) 22:20:52 - Hh
これとかどうでしょう?中身見てないですが。。
https://academic.oup.com/nar/article/49/D1/D319/5964070

(無題) 削除/引用
No.12439-2 - 2024/07/11 (木) 20:16:58 - あの
血中濃度の半減期ですか?

タンパクの半減期 削除/引用
No.12439-1 - 2024/07/11 (木) 18:11:25 - おお
タンパクの半減期ってデーターベース化してないですかね。。。

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