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SENS-IS法の遺伝子セットはわざと非公開なのか？ トピック削除
No.12427-TOPIC - 2024/07/04 (木) 16:35:03 - ぽいぞん
皮膚感作性評価でSENS-IS法について調べています。
初めに報告された論文をよんでも、試験する遺伝子セットについて明記されているのは以下のことだけです。

■感作性は38遺伝子
＜内訳としてREDOX （酸化還元）グループ17個および SENS-IS 遺伝子リスト21個＞の両方から少なくとも 7 つの遺伝子が過剰発現していたら陽性とする。

これを定めるまでの191個（論文には約200遺伝子と書いてました）の遺伝子の詳細は記載されていました。
しかし、具体的にRODEXグループの17遺伝子は何なのか、SENS-ISグループの遺伝子は何なのか、書かれていません。
その後のSENS-IS法を扱った論文も読みましたが、一切書かれておらず、（プライマー配列も知りたいのに）定量PCRした、とだけ書かれていて、こんなに明かさないで論文が通るものなのか！とびっくりしています。

ちなみに、SENS-IS法は先に刺激グループの遺伝子23個中20個以上過剰発現してたら、皮膚感作性評価に進めないそうです。
その刺激グループ遺伝子は明らかとされていて、そちらはどの論文にもご丁寧に記載されていて腹が立ちます。

これはわざと非公開なのですかね？
OECDのテストガイドラインに登録しようと世界標準を目指している割には秘密裏に進めているのが何故なのでしょう・・・
もう開発直前なのだから、誰に先越されるわけでもないはずなのに！
　
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(無題) 削除/引用
No.12427-6 - 2024/07/09 (火) 11:06:03 - おお
まあ、一度問い合わせてみるといいです。私も問い合わせようかと思ったけど、それはそれで筋違いというか、なんか違うのでやめましたけど。

(無題) 削除/引用
No.12427-5 - 2024/07/09 (火) 10:38:49 - ぽいぞん
おお様

色々と調べてくださってありがとうございます！
Reference Laboratory for alternatives to animal testing
として登録するTSARなんて知らなかったのでこういう風に申請して審査を追えることを知れて大変勉強になりました！

結論としましては、やっぱりあえてその特定の遺伝子セットは未公開であるということですよね。
そしてSENS-IS法をしたければそのキットを購入してやったとだけ書けば、論文には遺伝子セットを明記しなくても通るということですかね…

なんというか、遺伝子のことを調べるのはメカニズムの解明のためで、正確で生体をin vitroで再現できてるということを示すための研究だと思うのです。
しかし評価法として標準化、製品化すると、そういう部分は作り手側だけが知っておけばよい、使い手側はブラックボックスで良いという風になってしまうんですね。

論文を書く上で以下にオープンであるか、なぜそういう結果になるのか
という点をすべて洗いざらい明らかにするものだとばかり思ってましたが、SENS-IS法については目からうろこでした。

(無題) 削除/引用
No.12427-4 - 2024/07/06 (土) 09:12:57 - おお
https://tsar.jrc.ec.europa.eu/test-method/tm2011-11

Reference Laboratory for alternatives to animal testing
として登録しようとしてますが、審査を断念してますね。未公開のところは特許性、ライセンスなどと関係しているかもしれません。上記のURLでは申請者は新たなsubmissionは可能としてますので、それに向けて調整しているかもしれません。
一応（多分）診断、臨床検査系のベンチャー企業が立ち上げられているようですから、そこか、オーサーに直接聞くのがよろしいかと。
https://immunosearch.fr/sens-is

(無題) 削除/引用
No.12427-3 - 2024/07/06 (土) 03:34:16 - おお
Cottrez F, Boitel E, Auriault C, Aeby P, Groux H. Genes specifically modulated in sensitized skins allow the detection of sensitizers in a reconstructed human skin model. Development of the SENS-IS assay. Toxicol In Vitro. 2015 Jun;29(4):787-802. doi: 10.1016/j.tiv.2015.02.012. Epub 2015 Feb 24. PMID: 25724174.

たぶんリファレンスをちゃんと確認してなかったのですね。

A panel of almost 200 genes involved in the biological processes leading to the acquisition of skin sensitization could thus be defined (See Table 1).

Table 1にリストがあります。

(無題) 削除/引用
No.12427-2 - 2024/07/04 (木) 18:47:01 - おお
きっとどこかに書いていると思うので、時間の都合がつけば調べてみます。

SENS-IS法の遺伝子セットはわざと非公開なのか？ 削除/引用
No.12427-1 - 2024/07/04 (木) 16:35:03 - ぽいぞん
皮膚感作性評価でSENS-IS法について調べています。
初めに報告された論文をよんでも、試験する遺伝子セットについて明記されているのは以下のことだけです。

■感作性は38遺伝子
＜内訳としてREDOX （酸化還元）グループ17個および SENS-IS 遺伝子リスト21個＞の両方から少なくとも 7 つの遺伝子が過剰発現していたら陽性とする。

これを定めるまでの191個（論文には約200遺伝子と書いてました）の遺伝子の詳細は記載されていました。
しかし、具体的にRODEXグループの17遺伝子は何なのか、SENS-ISグループの遺伝子は何なのか、書かれていません。
その後のSENS-IS法を扱った論文も読みましたが、一切書かれておらず、（プライマー配列も知りたいのに）定量PCRした、とだけ書かれていて、こんなに明かさないで論文が通るものなのか！とびっくりしています。

ちなみに、SENS-IS法は先に刺激グループの遺伝子23個中20個以上過剰発現してたら、皮膚感作性評価に進めないそうです。
その刺激グループ遺伝子は明らかとされていて、そちらはどの論文にもご丁寧に記載されていて腹が立ちます。

これはわざと非公開なのですかね？
OECDのテストガイドラインに登録しようと世界標準を目指している割には秘密裏に進めているのが何故なのでしょう・・・
もう開発直前なのだから、誰に先越されるわけでもないはずなのに！
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