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(無題) 削除/引用 No.12422-7 - 2024/07/04 (木) 09:11:46 - さと 皆様 たくさんのご助言ありがとうございます。 プラスミドの名前は諸事情で分からなかったので、プラスミドの配列をシーケンスですべて確認し、SnapGeneViewerで確認した次第です。 現在出先ですので、のちほど配列を投稿致します。

(無題) 削除/引用 No.12422-6 - 2024/07/04 (木) 05:16:46 - おお あまり目にしないがsupF（変異に対応したtRNA）がプラスミドにあって、変異をもった薬剤耐性遺伝子をエピソームにもつ大腸菌に導入するとその変異が解消され薬剤耐性になるという系がありますよね。 栄養素などが利用できない変異に必要な遺伝子をプラスミドに持たせるといったやり方もあるのだけど、そういうのは大腸菌では目にしない。

(無題) 削除/引用 No.12422-5 - 2024/07/03 (水) 14:52:15 - 774R >配列を確認すると、AmpRプロモーターの下流にISSというサイトがあり、AmpRのサイト自体は無いように思われました。 配列が既知ならば、自動でプラスミドマップを描いてくれるサイトがあるので使ってみてはいかがでしょうか？ https://plasmapper.wishartlab.com/ https://www.addgene.org/analyze-sequence/

(無題) 削除/引用 No.12422-4 - 2024/07/03 (水) 14:43:58 - NOD ISSは、プラスミドをDNAワクチンで使うときのアジュバント配列(unmethylated CpG motif)じゃないかと思います。確か、pCMVにもありますよ https://journals.aai.org/jimmunol/article/163/9/4754/32329/Presence-of-CpG-DNA-and-the-Local-Cytokine-Milieu ampRかどうかとは関係ないので、blaのORFとAmpR付与遺伝子が壊れていないかを確認しましょう。 ベクターの配列かアクセッションナンバーをここに書くのが手っ取り早いです。

(無題) 削除/引用 No.12422-3 - 2024/07/03 (水) 12:08:21 - おお プラスミドのバックボーン（インサート都会れる前）の名前を教えてください。 実際に配列（ATGCのならび）を確認したのですか？それともマップを見たのですか？ アンプのプロモーターはblaと書かれることが多いです。

(無題) 削除/引用 No.12422-2 - 2024/07/03 (水) 01:43:16 - sono Amp耐性を与えるbeta lactamaseのORFの配列がプラスミドのどこにもないなら、多分AmpRではないと思われます。そのほかにセレクションに使えそうなものは乗っていない感じでしょうか？ ISSという略語は心当たりはないですが、サイトの大きさとか、追加で言える情報ありますか？そこにORFがあるのなら、もしかしたら病原性大腸菌の遺伝子でissというのがあるのでそれかもしれません。 ちなみに好奇心でお聞きしますがAmp以外の薬剤耐性など選択に使えそうなものはなさそうですか、また不明なサイトなどほかにありますか？

AmpRがない？プラスミドマップ 削除/引用 No.12422-1 - 2024/07/03 (水) 00:01:05 - さと いつもお世話になっております。 今回、あるプラスミドをコンピタントセルを使用し、Amp plateに播種しましたがコロニーは生えてきませんでした。 配列を確認すると、AmpRプロモーターの下流にISSというサイトがあり、AmpRのサイト自体は無いように思われました。 こちらはAmpRは無いという理解で良いでしょうか。またISSとは何のためでしょうか？ どなたかご存知の方がいらっしゃったら、御教示頂けますと幸いです。 どうぞよろしくお願い致します。

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