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proteinタグの話 トピック削除
No.12414-TOPIC - 2024/06/29 (土) 12:28:38 - LLL
GFPなど大きなtagをつけることで、細胞内局在が変わったり、核移行すべきタンパク質ができなくなったりすることはあり得ますか。
　
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(無題) 削除/引用
No.12414-8 - 2024/07/02 (火) 01:33:15 - おお
steric hindrance
という言葉をご存知でなければこの際に覚えてはどうでしょうか。

Although the beta barrel has no strong affinity for other proteins, it may still block the function or activity of the tagged protein because of its size. This type of interference is known as steric hindrance.
https://blog.addgene.org/gfp-fusion-proteins-making-the-right-connection


10.1038/s41598-020-71655-x
10.1371/journal.pone.0023693
10.7554/eLife.81755


Preliminary analysis showed that the APEX fusion presented slower release kinetics when compared to H3-eGFP alone, possibly due to the increase in steric hindrance derived from a considerably larger fusion construct,

(無題) 削除/引用
No.12414-7 - 2024/07/01 (月) 10:27:04 - NOD
あり得るので、折々で内在性タンパク質の局在や挙動を確認すれば良いと思います。
GFPやhis/flagタグはライブイメージングやプルダウンとかでとても有用なので、活用しつつタグ無しでも同じになるとか何か確認実験を足しとけばいいと思います。

(無題) 削除/引用
No.12414-6 - 2024/07/01 (月) 09:54:15 - おお
C末のストップコドンに変異が入った変異が病気で見つかっていたりしますしね。

(無題) 削除/引用
No.12414-5 - 2024/07/01 (月) 09:28:05 - 774R
タグの有無だけでなく、発現量が過剰になることで別の振る舞いをする懸念もあります。

(無題) 削除/引用
No.12414-4 - 2024/07/01 (月) 08:42:55 - Tr
さらに言えば、小さければ大丈夫とも言い切れないことにも注意が必要です。結局は、タグ付きのものとタグ無しのもの、機能的に同等にふるまうか確認をちゃんとする必要があると思います。

(無題) 削除/引用
No.12414-3 - 2024/06/30 (日) 11:55:36 - おお
ER retention signalはKDEL-COOHでC末にあります。C末である必要を示した論文としては、
doi: 10.7554/eLife.68380

この場合大きさは関係ありませんが、C末にタグをつけるとER retention signalとして働きませんね。
N末にミトコンドリアやERへのシグナルがある場合はN末にタグをつけるのは避けられています。

大きさが原因となるものを考えているのでしょうか？それなら他の蛋白とのInteraction絡みが原因ということはあると思います。

(無題) 削除/引用
No.12414-2 - 2024/06/29 (土) 16:35:02 - おお
あり得ます。
あり得ないと完全否定できるロジックがありますか？

proteinタグの話 削除/引用
No.12414-1 - 2024/06/29 (土) 12:28:38 - LLL
GFPなど大きなtagをつけることで、細胞内局在が変わったり、核移行すべきタンパク質ができなくなったりすることはあり得ますか。
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