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(無題) 削除/引用 No.12411-5 - 2024/06/29 (土) 11:58:56 - おお https://microbiomejournal.biomedcentral.com/articles/10.1186/s40168-023-01705-9 16sが複数ある場合のやり方が書いてますが、それより遺伝子があると言う主張。

(無題) 削除/引用 No.12411-4 - 2024/06/29 (土) 09:45:45 - ぴー シンプルに様々な門のバクテリアの系統樹を描く際に、1つのバクテリアにrrnオペロンごとに異なる16S rRNAがあると思いますが、どれで系統樹を描くのか気になった次第です。

(無題) 削除/引用 No.12411-3 - 2024/06/29 (土) 01:17:36 - おお そういうことなので、研究目的を把握している人とDiscussionしてください。

(無題) 削除/引用 No.12411-2 - 2024/06/29 (土) 01:15:28 - おお 目的は何でしょうか。水平伝播よく見られる遺伝子のようで、それもところどころでキメラになってたりするようですから、何を解析したいかによって方法論が変わってきそうな気がします。 ＞どのrrnオペロン 共通した特定の物があるように思えませんけどね。 それに一部のrrnオペロンだけしかないようならデーターベースにならないですからね。

16S rRNAの配列取得 削除/引用 No.12411-1 - 2024/06/28 (金) 23:10:57 - ぴー 16S rRNAの配列で系統樹を作製する際に、NCBI等のデータベースより配列を得ると思いますが、その際rrnオペロンのどの配列を取得すればよいのでしょうか。 またaccession numberに紐づけされた16S ribosomal RNA, partial sequenceというのは、どのrrnオペロンのものか決まっていたりするのでしょうか。 お忙しいところ恐縮ですが、どなたか回答いただければ幸いです。 よろしくお願いします。

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