ImageJによる画像解析に苦戦しており、アドバイスを頂ければと思っています。当方医学部で基礎研究を行っている学部生でして、知識不足な点があると思いますがご容赦ください。
脳切片内の神経細胞の個数をカウント、比較する目的で免疫組織化学染色を行いました。Axioscanで撮影後、得られたcziファイルをImageJに読み込んで解析しようとしているのですが、二値化（Threshold)で詰まっています。
プロトコルを選ぶ段階では、蛍光している神経細胞が検出できているのですが、Applyしたあと急にべたっと白く潰れ、細胞が計上できる状態で無くなってしまいます。
元画像の状態ですが、神経細胞のシグナルが弱く、
・調整しないと全体的に暗い
・バックグラウンドと蛍光細胞の差が小さい
という特徴があります。
Auto Threshold、Subtract background（Rolling ball法）なども試してみたのですが、上手く神経細胞のみを検出するには至っておりません。
二値化を成功させ、細胞数を計上する為には他に何を試してみれば良いでしょうか。ImageJの経験がある方、ご助言をお願いいたします。 |
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