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ImageJでの画像解析(Thresholdについて) トピック削除
No.12397-TOPIC - 2024/06/25 (火) 10:24:20 - トム
ImageJによる画像解析に苦戦しており、アドバイスを頂ければと思っています。当方医学部で基礎研究を行っている学部生でして、知識不足な点があると思いますがご容赦ください。

脳切片内の神経細胞の個数をカウント、比較する目的で免疫組織化学染色を行いました。Axioscanで撮影後、得られたcziファイルをImageJに読み込んで解析しようとしているのですが、二値化(Threshold)で詰まっています。
プロトコルを選ぶ段階では、蛍光している神経細胞が検出できているのですが、Applyしたあと急にべたっと白く潰れ、細胞が計上できる状態で無くなってしまいます。


元画像の状態ですが、神経細胞のシグナルが弱く、
・調整しないと全体的に暗い
・バックグラウンドと蛍光細胞の差が小さい
という特徴があります。

Auto Threshold、Subtract background(Rolling ball法)なども試してみたのですが、上手く神経細胞のみを検出するには至っておりません。

二値化を成功させ、細胞数を計上する為には他に何を試してみれば良いでしょうか。ImageJの経験がある方、ご助言をお願いいたします。
 
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(無題) 削除/引用
No.12397-2 - 2024/06/25 (火) 21:55:18 - qq
そもそもcziファイルは、compositeとして開いていると考えてよいのでしょうかね?
だとして、蛍光のあるチャンネルだけをduplicate(duplicate hyperstackのチェックを外す)して別ウィンドウに表示すると、黒い画面に蛍光細胞が見えるのでしょうか?
そうであれば、そのコピーでThresholdをかけてみてくださいね。backgroundを白くしたいか、黒くしたいかは選択できるでしょう。どの境界でthresholdしたいかは、スライダーを動かして調整しましょうね。

ImageJでの画像解析(Thresholdについて) 削除/引用
No.12397-1 - 2024/06/25 (火) 10:24:20 - トム
ImageJによる画像解析に苦戦しており、アドバイスを頂ければと思っています。当方医学部で基礎研究を行っている学部生でして、知識不足な点があると思いますがご容赦ください。

脳切片内の神経細胞の個数をカウント、比較する目的で免疫組織化学染色を行いました。Axioscanで撮影後、得られたcziファイルをImageJに読み込んで解析しようとしているのですが、二値化(Threshold)で詰まっています。
プロトコルを選ぶ段階では、蛍光している神経細胞が検出できているのですが、Applyしたあと急にべたっと白く潰れ、細胞が計上できる状態で無くなってしまいます。


元画像の状態ですが、神経細胞のシグナルが弱く、
・調整しないと全体的に暗い
・バックグラウンドと蛍光細胞の差が小さい
という特徴があります。

Auto Threshold、Subtract background(Rolling ball法)なども試してみたのですが、上手く神経細胞のみを検出するには至っておりません。

二値化を成功させ、細胞数を計上する為には他に何を試してみれば良いでしょうか。ImageJの経験がある方、ご助言をお願いいたします。

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