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(無題) 削除/引用 No.12386-3 - 2024/06/24 (月) 09:28:20 - end RNA-seqのクオリティに関しては、全く問題ありません。 ソースもcell lineなので。 しかし、おかしいなあと思います。 タンパク質レベルは、2-3倍は違うのに、RNAレベルは、逆方向に、4倍も違います。。。 NARの論文もこの逆転現象を説明するものではないですよね。 フィードバックのようなものがかかって、正常たんぱく質が多いので、RNAは減少させているんでしょうか。

(無題) 削除/引用 No.12386-2 - 2024/06/22 (土) 18:47:17 - おお protein mrna level inconsistent でぐぐってもそれに関する色々な論文が見つかります。 doi.org/10.1186/1471-2164-10-365 この論文はタンパク質とmRNAがどの程度の相関があるか見てます mRNA、タンパク合成、タンパク質自身、それぞれのステップでいろいろなレギュレーションを受けているので、mRNA が上がってタンパクが上がると言う単純なものではないとも言えると思います。mRNAによっては、発現しても、ribosomeがアクセスできないところに封じ込まれていて、タンパク質が合成されない事もあります。miRNAの一つの機能は、mRNAに結合して翻訳を抑制することです。生理的にはゲノムからmRNAを作ってさらにタンパク質を作るより、mRNAからタンパク質合成の活性を上げてタンパクを作る方が早く、迅速な対応が必要な場合に適応できる。 タンパクの安定性が高くmRNAの半減期が短いなら、mRNAの発現が落ちてもしばらく高いタンパク量が維持できる。 一般論は置いといて、以下の論文はCDKN1Aについても書かれている。 doi.org/10.1093/nar/gkad899 ところで、RNAseq のvaridationはやりましたか？

RNA-seqとwesternの結果が逆 削除/引用 No.12386-1 - 2024/06/22 (土) 15:14:38 - end RNA-seqとwesternの結果が逆転しています。具体的にはCDKN1Aというたんぱく質なのですが、そういったこともありうるでしょうか。。。。 タンパク質と表現型は、一致していますが、RNAの発現量が逆になっています。 今回の研究のカギとなるたんぱく質ですので、RNAを無視するわけにもいかないのですが、うまい説明はあるのでしょうか。 実際のところ、CDKN1Aに関してはRNA-seqのデータは、何故か取り上げられる機会が圧倒的に少ないです。

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