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御礼 削除/引用 No.12346-6 - 2024/06/18 (火) 13:43:55 - たおぴか ご返信ありがとうございます！ 御礼を申し上げるのが遅れてしまい申し訳ありませんでした。 解決したのですが、単に別名で調べたら出てきたり、フィルター（p-valueやFDR,　foldchange）がかかっていたことが原因でした。 TS様 ≥1つの細胞や組織で、IL●とIL●Rの両方が発現している必要はないでしょう。 そういうものなのだと知らなかったので、調べてみましたらその通りでした。対応する相手側（他種細胞）にレセプターがあれば良い（逆もしかり）ということのようでした。 おお様 論文までご教授くださりありがとうございます。大変参考になりました。 このCELデータもGene　Expression　Omnibusに登録したいと思います！

(無題) 削除/引用 No.12346-5 - 2024/06/05 (水) 07:30:05 - おお doi: 10.1002/jcsm.12568 PMCID: PMC7432578 PMID: 32232960 Adipose depot gene expression and intelectin‐1 in the metabolic response to cancer and cachexia Janice Miller, 1 Gillian Dreczkowski, 2 Michael I. Ramage, 1 Stephen J. Wigmore, 1 Iain J. Gallagher, 2 and Richard J.E. Skipworth この論文はClariom S assay（Human）を使っていて、そのデーターはGene expression omnibusに登録されています。その一つのデーターを開くと https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?view=data&acc=GSM3821249&id=173502&db=GeoDb_blob168 IDはEnsemblのものを使っていて、IL4RはENSG00000077238で上記のWeb pageをそのIDで検索するとちゃんと見つかります。IL１R１はENSG00000115594でこれも見つかります。 また、Wiki（https://en.wikipedia.org/wiki/Human_genome）には The human genome contains somewhere between 19,000 and 20,000 protein-coding genes.[13][14][15][16] These genes contain an average of 10 introns and the average size of an intron is about 6 kb (6,000 bp).[17] This means that the average size of a protein-coding gene is about 62 kb and these genes take up about 40% of the genome.[18] ２万アレーにのっていればほとんどの蛋白をコードしている遺伝子はカバーしているんじゃないかと。Clariom S assayの説明にwell-annotatedと書かれているけど、お示しのリセプターなどwell-annotatedでない理由がないとも思えますし。

(無題) 削除/引用 No.12346-4 - 2024/06/04 (火) 19:30:57 - TS TACというのを使ったことがないのでわかりませんが、マイクロアレイの解析データとしては、20000遺伝子以上はないとおかしいですね。 >IL〇とIL〇Rはセットで見られるもの >IL●とIL●Rが対であることが確認できる このあたりがわからなかったのですが、1つの細胞や組織で、IL●とIL●Rの両方が発現している必要はないでしょう。 Negative control以下の遺伝子が見えないような設定になっているとか、先輩が削除してしまったとか言うことはないですか。

(無題) 削除/引用 No.12346-3 - 2024/06/04 (火) 16:09:55 - たおぴか コメントありがとうございます。 調べてみたのですが、プローブは見れませんでした。（非公開？） データというのは、仰る通り蛍光強度です。 Transcriptome Analysis Console（TAC）ソフトウェアで解析したデータを見ながら、使う遺伝子を決める、という作業をしてます。 プローブを見ることができれば、サーモフィッシャーの実験系の遺伝子セット2万種の中にIL●とIL●Rが対であることが確認できる、ということですね？

(無題) 削除/引用 No.12346-2 - 2024/05/30 (木) 13:30:07 - おお その前に、そのアレーに載っているプローブのリストみた？ 後、データーって言うけどプローブの蛍光強度が載っているリストですか。 ID は何を使ってますか？

インターロイキンとそのレセプターの遺伝子発現の差について 削除/引用 No.12346-1 - 2024/05/30 (木) 11:33:31 - たおぴか はじめまして 単球細胞を１.試薬なし（コントロール）と２.試薬アリで比較して、インターロイキンの遺伝子発現量の変動を調べていく研究をしています。 質問したいことはマイクロアレイでのデータについてです。 先輩の過去のマイクロアレイ解析データで、例えば、IL４RやIL1Rなどレセプター遺伝子はあるのに、IL4やIL1の方がなかったりします。かと思えば逆にIL11はあるのにIL11Rはないということもあります。 私の無知なので教えていただきたいのですが、マイクロアレイは網羅的にほぼすべての遺伝子を調べられるはずなので、IL〇とIL〇Rはセットで見られるものではないのでしょうか？ サーモフィッシャーのClariom™ S assay（Human）です。2万種以上の遺伝子を調べていると記載されていました。

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