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(無題) 削除/引用 No.12341-5 - 2024/05/28 (火) 22:46:02 - おお >[Re:4] codon+optimizationさんは書きました : > おおさま > 哺乳細胞ではまた違ってきそうですね。mRNAの安定性や自然免疫の応答など、細胞株ごとにも変わってきそうで一般法則を見出すのは難しいのかもしれませんね。 > > ネットで情報を漁りましたところ、概ね、codon usageを指標に最適化すれば大外しはしないような印象を持ちました。 成功例はあるようですね。哺乳動物においては前回では見つけてまとめることができませんでした。興味深いテーマでもありますので深堀りする時間があればやってみたいと思います。 ひとつ、レアコドンがMAPKで制御されているらしいような論文があった気がします。積極的に発現制御に働いていると色々と例外的なものも多くなりそうです。

(無題) 削除/引用 No.12341-4 - 2024/05/28 (火) 17:06:24 - codon+optimization おおさま おっしゃるとおり、コドンと発現量の相関を示す大量のデータからパラメータを導き出す作業になるのかと思います。 紹介していただいた論文を拝見しましたが、大腸菌におけるデータのようですね。 哺乳細胞ではまた違ってきそうですね。mRNAの安定性や自然免疫の応答など、細胞株ごとにも変わってきそうで一般法則を見出すのは難しいのかもしれませんね。 ネットで情報を漁りましたところ、概ね、codon usageを指標に最適化すれば大外しはしないような印象を持ちました。

(無題) 削除/引用 No.12341-3 - 2024/05/28 (火) 15:45:45 - おお https://academic.oup.com/nar/article/51/5/2363/7016452 実際に色んなコドンを導入して、発現量を調べて学習させて、そのデーターに基づいて予測するしかないでしょう。 上記のの文献ではCAIよりも相関があるパラメーターを見出してます。

(無題) 削除/引用 No.12341-2 - 2024/05/28 (火) 15:23:00 - codon+optimization 半分自己解決しました。 codon usageに基づいてCAI (codon adaptation index)を返してくるツール。 https://www.biologicscorp.com/tools/CAICalculator 翻訳効率とかmRNA安定性とか加味したシミュレーションをするような、もっと高度なプログラムなどあれば教えてください。（それとも、ほとんどcodon usageの指標で実用的に足りてるのかな？）

コドン最適化スコア 削除/引用 No.12341-1 - 2024/05/28 (火) 13:57:37 - codon optimization 細胞に遺伝子導入し目的タンパク質の発現が低く、これを解決しようと考えております。 発現量は様々な要因で決まることは承知していますが、目的遺伝子にレアコドンが多いのが原因ではないかと疑っています。 コドン最適化ツールを使えば済む話ですが、現在のコドンがどの程度「最適」なのか評価しスコアを出すツール、あるいはアルゴリズムをご存じないでしょうか？ 最適化によってどのくらい改善できるか指標できればと思います。

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